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[求助]
請(qǐng)教各位大牛，SYBYL-X中，SURFLEX-DOCK可加兩個(gè)配體嗎？可加水箱進(jìn)行對(duì)接嗎？
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以前使用SYBYL-X中的SURFLEX-DOCK進(jìn)行對(duì)接時(shí)，都是單一受體與一配體分子對(duì)接，或者是一對(duì)多對(duì)接，即高通量虛擬篩選，實(shí)則還是一對(duì)一對(duì)接，只不過(guò)是批量進(jìn)行，都非常順利�，F(xiàn)碰到一些問(wèn)題，求助各位大老： （1）加完全相同的兩個(gè)配體時(shí)，這兩個(gè)配體就重疊在了一起。如何使它們不重疊？ （2）受體加水箱后，對(duì)接時(shí)配體結(jié)合到了水箱上，結(jié)合不到受體分子上，如何才能使配體對(duì)接到受體上？ （3）SYBYL-X對(duì)接時(shí)可一個(gè)受體與兩個(gè)完全相同的配體同時(shí)進(jìn)行對(duì)接嗎？我試了一下先對(duì)接一個(gè)，后對(duì)接第二個(gè)，但感覺(jué)兩個(gè)相同配體同時(shí)加上較好些。 （4）minimization of time-averaged dynamics structure在那個(gè)模塊？步驟是什么？ 越詳細(xì)越好，在這里先感謝大家。 |
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aqiao
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