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[求助]
請教各位大牛，SYBYL-X中，SURFLEX-DOCK可加兩個配體嗎？可加水箱進行對接嗎？
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以前使用SYBYL-X中的SURFLEX-DOCK進行對接時，都是單一受體與一配體分子對接，或者是一對多對接，即高通量虛擬篩選，實則還是一對一對接，只不過是批量進行，都非常順利�，F(xiàn)碰到一些問題，求助各位大老： （1）加完全相同的兩個配體時，這兩個配體就重疊在了一起。如何使它們不重疊？ （2）受體加水箱后，對接時配體結(jié)合到了水箱上，結(jié)合不到受體分子上，如何才能使配體對接到受體上？ （3）SYBYL-X對接時可一個受體與兩個完全相同的配體同時進行對接嗎？我試了一下先對接一個，后對接第二個，但感覺兩個相同配體同時加上較好些。 （4）minimization of time-averaged dynamics structure在那個模塊？步驟是什么？ 越詳細(xì)越好，在這里先感謝大家。 |
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3樓2012-05-10 18:02:59
2樓2012-05-10 17:15:25
Chengxm
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4樓2012-05-11 10:08:25
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5樓2012-05-12 23:29:47
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