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zhongyunxia新蟲 (小有名氣)
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[求助]
用packmol做初始結(jié)構(gòu)
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給位大俠，我開始用gromacs建一個(gè)22x20.1x6.5nm3的盒子，裝了一個(gè)碳管和1796個(gè)棕櫚酸PA，結(jié)果跑出來構(gòu)象不好，PA不是層層吸附在碳管周圍，有跑偏的情況。現(xiàn)在想用packmol做一個(gè)PA成輻射狀排列在碳管周圍，比較均勻的體系，不知道能不能做，請(qǐng)教給位，感激不盡，下面為我的初始pdb 碳管的pdb PA的pdb |
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- 附件 2 : pa.pdb
2012-05-11 08:44:54, 170.25 K
2012-05-11 08:45:19, 1.66 K
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2樓2012-05-11 08:56:01
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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packmol 應(yīng)該能夠?qū)崿F(xiàn)吧，但是要像你要求的那樣均勻排布，估計(jì)會(huì)有些麻煩。 提供個(gè)思路，用VMD，插圖上是個(gè)參考，我只弄了5個(gè)，然后把這些PDB合并就行了。 |
3樓2012-05-11 09:21:31
zhongyunxia
新蟲 (小有名氣)
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4樓2012-05-11 10:25:29
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