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[交流]
【求助】安裝packmol的comfigure怎么指定編譯器？
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f the script was not able to find a suitable compiler, then you can manually set the compiler by: ./configure /path/to/your/compiler/yourcompiler packmol網(wǎng)站上這么說，具體命令式？我的gfortran放在/usr/bin/gfortran |
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2樓2010-12-11 00:49:09
★ ★ ★ ★
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3):thank you 2010-12-11 09:36:26
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3):thank you 2010-12-11 09:36:26
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在你的path里面只要定義好了你的編譯器, 就不需要擔心這個了. 一般可以這樣 (我的是bash, 以Intel Fortran): (1) # vi ~/.bash_profile 增加這兩句: PATH=/users/qphll/simulation/intelfortran/bin:$PATH export PATH 保存后, 運行這句使得你的修改立刻生效: # . ~/.bash_profile (2) # ifort 嘗試調(diào)用ifort, 這個命令讓你知道是否可以anywhere直接調(diào)用 (3) # which ifort 這個命令讓你double check 系統(tǒng)path里面的調(diào)用路徑,是不是你想要的那個命令. |
3樓2010-12-11 02:19:41
4樓2010-12-11 09:33:19
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10樓2010-12-30 23:29:17
11樓2010-12-31 00:06:55
12樓2010-12-31 17:34:02
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zyj8119(金幣+3):沒有啊，很好啊，你的算法思想很好。。。。 2010-12-31 23:52:45
ghcacj(金幣+10):謝謝 2011-01-04 17:20:15
zyj8119(金幣+3):沒有啊，很好啊，你的算法思想很好。。。。 2010-12-31 23:52:45
ghcacj(金幣+10):謝謝 2011-01-04 17:20:15
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我是做液晶的，我簡單說一下我的解決辦法，比較笨，也算土法煉鋼了 我的要求是，希望體系中所有液晶都有固定的取向，然后和另外一個組分（比如說球）混合。 我的辦法是，自己生成一個充滿取向一致的液晶的盒子，當然空間也是規(guī)則排列的。然后用packmol生成一盒子隨機排列的球，數(shù)目為最終體系需要的數(shù)目，數(shù)目然后自己寫個程序把這兩組坐標讀進去，然后做個距離判據(jù)，如果一個液晶和球相距小于閾值，就把該液晶刪了，最終體系的數(shù)密度會比設定的偏差一點，這時候沒辦法只能調(diào)整調(diào)整模擬盒子的大小了。 關于packmol的fix選項，在我的印象里，一個inp里面fix的分子數(shù)不能超過10個還是20個，也就是說你希望體系里所有的分子的取向或者坐標都按照你的設置來排列的話，分子數(shù)不能超過一個數(shù)量。這時候可以采用這樣的辦法，分幾步來，先把十幾個固定的分子生成一個小的塊，然后把小塊當做一個分子，復制幾塊變成大塊，最后擺成最終的構型。比如說生成一個兩相體系，可以先分別生成其中一相構成的“塊”，再把兩塊讀入進去后看成兩個大分子拼在一起。 這都是在只能用packmol的前提下想出的一些笨辦法。見笑了。 |
13樓2010-12-31 23:51:32
14樓2010-12-31 23:52:21
簡單回復
黃石罐9樓
2010-12-19 12:53
回復
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
頂一下。
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