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【求助】安裝packmol的comfigure怎么指定編譯器？
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f the script was not able to find a suitable compiler, then you can manually set the compiler by: ./configure /path/to/your/compiler/yourcompiler packmol網(wǎng)站上這么說(shuō)，具體命令式？我的gfortran放在/usr/bin/gfortran |
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2樓2010-12-11 00:49:09
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zyj8119(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3):thank you 2010-12-11 09:36:26
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3):thank you 2010-12-11 09:36:26
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在你的path里面只要定義好了你的編譯器, 就不需要擔(dān)心這個(gè)了. 一般可以這樣 (我的是bash, 以Intel Fortran): (1) # vi ~/.bash_profile 增加這兩句: PATH=/users/qphll/simulation/intelfortran/bin:$PATH export PATH 保存后, 運(yùn)行這句使得你的修改立刻生效: # . ~/.bash_profile (2) # ifort 嘗試調(diào)用ifort, 這個(gè)命令讓你知道是否可以anywhere直接調(diào)用 (3) # which ifort 這個(gè)命令讓你double check 系統(tǒng)path里面的調(diào)用路徑,是不是你想要的那個(gè)命令. |
3樓2010-12-11 02:19:41
4樓2010-12-11 09:33:19
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12樓2010-12-31 17:34:02
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zyj8119(金幣+3):沒(méi)有啊，很好啊，你的算法思想很好。。。。 2010-12-31 23:52:45
ghcacj(金幣+10):謝謝 2011-01-04 17:20:15
zyj8119(金幣+3):沒(méi)有啊，很好啊，你的算法思想很好。。。。 2010-12-31 23:52:45
ghcacj(金幣+10):謝謝 2011-01-04 17:20:15
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我是做液晶的，我簡(jiǎn)單說(shuō)一下我的解決辦法，比較笨，也算土法煉鋼了 我的要求是，希望體系中所有液晶都有固定的取向，然后和另外一個(gè)組分（比如說(shuō)球）混合。 我的辦法是，自己生成一個(gè)充滿取向一致的液晶的盒子，當(dāng)然空間也是規(guī)則排列的。然后用packmol生成一盒子隨機(jī)排列的球，數(shù)目為最終體系需要的數(shù)目，數(shù)目然后自己寫(xiě)個(gè)程序把這兩組坐標(biāo)讀進(jìn)去，然后做個(gè)距離判據(jù)，如果一個(gè)液晶和球相距小于閾值，就把該液晶刪了，最終體系的數(shù)密度會(huì)比設(shè)定的偏差一點(diǎn)，這時(shí)候沒(méi)辦法只能調(diào)整調(diào)整模擬盒子的大小了。 關(guān)于packmol的fix選項(xiàng)，在我的印象里，一個(gè)inp里面fix的分子數(shù)不能超過(guò)10個(gè)還是20個(gè)，也就是說(shuō)你希望體系里所有的分子的取向或者坐標(biāo)都按照你的設(shè)置來(lái)排列的話，分子數(shù)不能超過(guò)一個(gè)數(shù)量。這時(shí)候可以采用這樣的辦法，分幾步來(lái)，先把十幾個(gè)固定的分子生成一個(gè)小的塊，然后把小塊當(dāng)做一個(gè)分子，復(fù)制幾塊變成大塊，最后擺成最終的構(gòu)型。比如說(shuō)生成一個(gè)兩相體系，可以先分別生成其中一相構(gòu)成的“塊”，再把兩塊讀入進(jìn)去后看成兩個(gè)大分子拼在一起。 這都是在只能用packmol的前提下想出的一些笨辦法。見(jiàn)笑了。 |
13樓2010-12-31 23:51:32
14樓2010-12-31 23:52:21
簡(jiǎn)單回復(fù)
黃石罐9樓
2010-12-19 12:53
回復(fù)
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
頂一下。
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