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序列比對(duì)不上？怎么辦？
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各位大俠，我做低等動(dòng)物生殖相關(guān)蛋白的研究，現(xiàn)在用小鼠中的抗體已經(jīng)在我們的組織中雜交到了目的條帶，說(shuō)明我們所研究的組織中存在這種和小鼠中類似的蛋白，我們實(shí)驗(yàn)室之前也建立過(guò)核算庫(kù)和蛋白庫(kù)，但是庫(kù)里的可能相關(guān)的序列我在NCBI里面balstx中比對(duì)，比對(duì)結(jié)果里根本沒(méi)有我所用抗體對(duì)應(yīng)的蛋白，我下一步該怎么辦�。咳绾未_定這種western出來(lái)的蛋白？ 希望有高人指點(diǎn)��！急！ 萬(wàn)分感謝！ |
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jhu132llh
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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既然能用抗體的western雜交到目的條帶那就好說(shuō)了 首先，最有可能的是就是這個(gè)蛋白了 至少也是保守的這個(gè)蛋白家族 這樣的話有可能是你們庫(kù)里頭的數(shù)據(jù)出錯(cuò)或者數(shù)據(jù)不全 若不是這個(gè)蛋白 就復(fù)雜多了 咨詢抗體公司 查詢抗體的抗原抗體結(jié)合域 然后查詢結(jié)合域?qū)?yīng)的抗原蛋白序列 再根據(jù)這個(gè)再蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索可能蛋白，逐一排除 再次，也有可能是假陽(yáng)性 |
2樓2012-05-29 19:06:13
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非常感謝樓上高人的指點(diǎn)，是這樣的，我們是研究低等動(dòng)物的，針對(duì)低等動(dòng)物的抗體并不多，我用的這個(gè)抗體石求助中科院實(shí)驗(yàn)室的，人家贈(zèng)予的，是多克隆抗體。至于假陽(yáng)性，我不太明白這個(gè)怎么去判斷，我做的時(shí)候同時(shí)做了了五個(gè)平行樣，明顯的條帶都是只有那這一條，應(yīng)該不是假陽(yáng)性吧？ 因?yàn)槲覍?duì)基因不太在行，現(xiàn)在想的能不能割條帶去測(cè)序？或者有沒(méi)有更好的辦法？期待能得到您的建議！萬(wàn)分感謝！ |
3樓2012-05-30 09:56:02
4樓2012-05-30 10:49:28
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5樓2012-05-30 21:35:16
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huaerfeng6樓2012-05-30 21:37:41
，謝謝你提供的幫助，非常感謝
7樓2012-05-31 09:25:05
8樓2012-05-31 09:26:29
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