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序列比對(duì)不上?怎么辦?
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各位大俠,我做低等動(dòng)物生殖相關(guān)蛋白的研究,現(xiàn)在用小鼠中的抗體已經(jīng)在我們的組織中雜交到了目的條帶,說(shuō)明我們所研究的組織中存在這種和小鼠中類(lèi)似的蛋白,我們實(shí)驗(yàn)室之前也建立過(guò)核算庫(kù)和蛋白庫(kù),但是庫(kù)里的可能相關(guān)的序列我在NCBI里面balstx中比對(duì),比對(duì)結(jié)果里根本沒(méi)有我所用抗體對(duì)應(yīng)的蛋白,我下一步該怎么辦?如何確定這種western出來(lái)的蛋白? 希望有高人指點(diǎn)!急! 萬(wàn)分感謝! |


榮譽(yù)版主 (知名作家)
大洪
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既然能用抗體的western雜交到目的條帶那就好說(shuō)了 首先,最有可能的是就是這個(gè)蛋白了 至少也是保守的這個(gè)蛋白家族 這樣的話(huà)有可能是你們庫(kù)里頭的數(shù)據(jù)出錯(cuò)或者數(shù)據(jù)不全 若不是這個(gè)蛋白 就復(fù)雜多了 咨詢(xún)抗體公司 查詢(xún)抗體的抗原抗體結(jié)合域 然后查詢(xún)結(jié)合域?qū)?yīng)的抗原蛋白序列 再根據(jù)這個(gè)再蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索可能蛋白,逐一排除 再次,也有可能是假陽(yáng)性 |

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非常感謝樓上高人的指點(diǎn),是這樣的,我們是研究低等動(dòng)物的,針對(duì)低等動(dòng)物的抗體并不多,我用的這個(gè)抗體石求助中科院實(shí)驗(yàn)室的,人家贈(zèng)予的,是多克隆抗體。至于假陽(yáng)性,我不太明白這個(gè)怎么去判斷,我做的時(shí)候同時(shí)做了了五個(gè)平行樣,明顯的條帶都是只有那這一條,應(yīng)該不是假陽(yáng)性吧? 因?yàn)槲覍?duì)基因不太在行,現(xiàn)在想的能不能割條帶去測(cè)序?或者有沒(méi)有更好的辦法?期待能得到您的建議!萬(wàn)分感謝! |

榮譽(yù)版主 (知名作家)
大洪

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