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zhannanxia銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
已經(jīng)克隆測(cè)序到了matK序列，如何界定？急切求助中，謝謝！
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大俠們好，我這邊有兩個(gè)問(wèn)題幫忙解疑下： 1.我已經(jīng)通過(guò)克隆測(cè)序，獲得了20幾個(gè)不同樣品的matK序列，大小在700多bp,而NCBI上比對(duì)的matK序列有的達(dá)到1500bp左右（全基因序列），請(qǐng)問(wèn)現(xiàn)在要怎么人工剪輯？就是如何確定我克隆到的基因序列長(zhǎng)度，用來(lái)序列差異分析和構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。 2.同上，基因序列長(zhǎng)度如何確定，用于genebank的提交？ 3.比如蘋(píng)果“紅富士”，這個(gè)品種之前有人已經(jīng)在NCBI上提交過(guò)matK的核苷酸序列，我現(xiàn)在重新測(cè)序的和前人略有不同，還可以申請(qǐng)?zhí)峤粏幔? |
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zhannanxia
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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2樓2012-06-01 16:40:37
【答案】應(yīng)助回帖
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zhaohq1209: 金幣+2, 有道理~ 2012-06-02 10:31:01
zhannanxia: 金幣+2, ★★★很有幫助 2012-06-04 10:48:07
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| 你的matK是什么基因呀？你用你的上下游引物比對(duì)了后，剪切掉載體上的序列，剩下的就是你的目的序列了！還有，如果你的cDNA序列只是同別人的序列只差幾個(gè)堿基的話(huà)那你就要慎重了，有可能是堿基錯(cuò)配造成的，最好是比對(duì)一下氨基酸序列！如果氨基酸序列不一樣的話(huà)，還可以考慮，如果氨基酸序列完全一樣的話(huà)那就沒(méi)有必要了！ |
3樓2012-06-01 21:30:31
stone2239
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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zhaohq1209: 金幣+2, 有幫助~只選取已有的序列做比對(duì) 2012-06-02 10:31:25
zhannanxia: 金幣+2, ★有幫助 2012-06-04 10:47:30
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| 如要建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，那你需要截取NCBI上相關(guān)序列的相應(yīng)區(qū)域，然后再作比對(duì)建樹(shù)�？梢韵劝涯愕男蛄泻蚇CBI的一起做個(gè)多序列比對(duì)，然后根據(jù)結(jié)果截取各序列的相應(yīng)片段，再重新做多序列比對(duì)建樹(shù)。 |
4樓2012-06-02 00:45:34
zhannanxia
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謝謝樓上的回復(fù)，那么請(qǐng)問(wèn)： 如《基于rbcL、matK基因序列探討松科系統(tǒng)進(jìn)化的可能性。。�！愤@篇文章中，克隆rbcL基因所用引物為正向---5‘-ATGTCACCAAAAACAGAGACT-3’ 反向----5‘TCACAAGCAGCAGCTAGTTC-3’。他提交到NCBI上的一條序列編號(hào)AY389136， 序列是 1 gtcggattca aagctggtgt taaagattac agattaactt attatactcc tgaatatcag 61 accaaagata cggatatctt ggcagcattc cgagtaactc ctcaacctgg ggtgccgccc 121 gaggaagcgg gagcagcagt agctgctgaa tcttccaccg gtacatggac cactgtttgg 181 accgatggac ttactagtct tgatcgttac aagggacgat gctatgacat cgaggccgtt 241 cctggagagg agagtcaatt tattgcctat gtagcttacc ccttagacct tttcgaagaa 301 ggttctgtta ctaacttgtt cacttccatt gtaggtaatg tatttggatt caaggcccta 361 cgggctctac gtttggaaga tttgcggatc ccccctgctt attccaaaac ttttcaaggt 421 ccacctcatg gtatccaagt cgaaagggat aaattgaaca aatatggccg tcctttattg 481 ggatgtacta tcaaaccaaa attgggtcta tcggctaaga actatggtag agcagtttac 541 gaatgtctcc gtggtggact cgattttacc aaggatgatg agaacgtaaa ttcccaacca 601 ttcatgcgct ggagagatcg ttttgtcttt tgtgcggaag caatttataa ggctcaggct 661 gagacgggtg aaattaaggg acattacttg aatgctactg caggtacatg tgaagaaatg 721 atgaaaaggg cagtatttgc aagagaattg ggagttccta tcgttatgca tgactatctg 781 acgggaggtt ttactgcaaa tacttctttg gctcattatt gccgagacaa cggcctactt 841 cttcacattc accgcgcgat gcatgcagtt attgacagac aaagaaatca tggcatgcat 901 ttccgtgtac tggctaaagc attgcgtatg tccggtggag atcatattca cgccggtact 961 gtagtaggta aacttgaagg ggaacgagaa gtcactttag ggtttgttga tctactgcgt 1021 gatgatttta ttgaaaaaga tcgaagtcgt ggtatttact tcactcaaga ctgggtatct 1081 atgccaggtg ttctgcccgt agcttcagga ggtattcacg tttggcatat gcctgctctg 1141 accgagatct ttggggatga ttccgtacta cagtttggtg ggggaacttt ggggcaccct 1201 tggggaaatg cgcctggtgc agtagctaat cgggttgctc tagaagcttg tgtacaagct 1261 cgtaatgaag gacgtgatct tgctcgtgaa ggtaatgaag tgatccgtga agct // 從這里看不到引物的序列，這個(gè)是怎么解釋?zhuān)考葱蛄刑峤粫r(shí)候以什么為準(zhǔn)，比如從上下游引物開(kāi)始信息都算，或者其它？ |
5樓2012-06-04 00:13:06
的盧
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zhannanxia
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9樓2012-06-04 10:46:25
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
zhannanxia: 金幣+3, ★★★★★最佳答案, 意外的驚喜！感謝小木蟲(chóng)論壇 2012-06-04 14:57:18
zhannanxia: 金幣+3, ★★★★★最佳答案, 意外的驚喜！感謝小木蟲(chóng)論壇 2012-06-04 14:57:18
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（1）matK是葉綠體基因，樓主在擴(kuò)增的時(shí)候很可能用的引物本身擴(kuò)增的區(qū)段就比較短，而網(wǎng)上的序列本身較長(zhǎng)，這跟引物序列長(zhǎng)度有關(guān)系；只要你用你的序列blast網(wǎng)上的序列吻合程度在98%以上，就說(shuō)明是同一個(gè)物種，或者同一個(gè)屬的物種；還有，樓主克隆得到的片段可能已經(jīng)去掉內(nèi)含子了，所以長(zhǎng)度會(huì)減�。挥肕EGA軟件把網(wǎng)上序列的內(nèi)含子區(qū)段去掉就可以了 （2）基因序列你得到多長(zhǎng)就可以提交多長(zhǎng)，只要你能注釋清楚，即在Sequin軟件『NCBI Genbank序列提交軟件』中注明內(nèi)含子和外顯子就可以了； （3）樓主說(shuō)道紅富士，可見(jiàn)樓主做的事不同品種蘋(píng)果樹(shù)的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，不知matK是否可行？差異是否夠大？品種之間一般采用SSR或者AFLP來(lái)分析，利用葉綠體可能分辨率不夠。紅富士的葉綠體matK序列和網(wǎng)上不一樣，也要分情況，如果相似度在98%一下（對(duì)齊序列），則說(shuō)明樓主在克隆的過(guò)程中可能遭受污染，克隆到了其他植物物種的matK序列了 |
10樓2012-06-04 11:20:32
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