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zhannanxia銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
已經克隆測序到了matK序列，如何界定？急切求助中，謝謝！
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大俠們好，我這邊有兩個問題幫忙解疑下： 1.我已經通過克隆測序，獲得了20幾個不同樣品的matK序列，大小在700多bp,而NCBI上比對的matK序列有的達到1500bp左右（全基因序列），請問現(xiàn)在要怎么人工剪輯？就是如何確定我克隆到的基因序列長度，用來序列差異分析和構建系統(tǒng)發(fā)育樹。 2.同上，基因序列長度如何確定，用于genebank的提交？ 3.比如蘋果“紅富士”，這個品種之前有人已經在NCBI上提交過matK的核苷酸序列，我現(xiàn)在重新測序的和前人略有不同，還可以申請?zhí)峤粏幔? |
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3樓2012-06-01 21:30:31
zhannanxia
銀蟲 (小有名氣)
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2樓2012-06-01 16:40:37
4樓2012-06-02 00:45:34
zhannanxia
銀蟲 (小有名氣)
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謝謝樓上的回復，那么請問： 如《基于rbcL、matK基因序列探討松科系統(tǒng)進化的可能性。。。》這篇文章中，克隆rbcL基因所用引物為正向---5‘-ATGTCACCAAAAACAGAGACT-3’ 反向----5‘TCACAAGCAGCAGCTAGTTC-3’。他提交到NCBI上的一條序列編號AY389136， 序列是 1 gtcggattca aagctggtgt taaagattac agattaactt attatactcc tgaatatcag 61 accaaagata cggatatctt ggcagcattc cgagtaactc ctcaacctgg ggtgccgccc 121 gaggaagcgg gagcagcagt agctgctgaa tcttccaccg gtacatggac cactgtttgg 181 accgatggac ttactagtct tgatcgttac aagggacgat gctatgacat cgaggccgtt 241 cctggagagg agagtcaatt tattgcctat gtagcttacc ccttagacct tttcgaagaa 301 ggttctgtta ctaacttgtt cacttccatt gtaggtaatg tatttggatt caaggcccta 361 cgggctctac gtttggaaga tttgcggatc ccccctgctt attccaaaac ttttcaaggt 421 ccacctcatg gtatccaagt cgaaagggat aaattgaaca aatatggccg tcctttattg 481 ggatgtacta tcaaaccaaa attgggtcta tcggctaaga actatggtag agcagtttac 541 gaatgtctcc gtggtggact cgattttacc aaggatgatg agaacgtaaa ttcccaacca 601 ttcatgcgct ggagagatcg ttttgtcttt tgtgcggaag caatttataa ggctcaggct 661 gagacgggtg aaattaaggg acattacttg aatgctactg caggtacatg tgaagaaatg 721 atgaaaaggg cagtatttgc aagagaattg ggagttccta tcgttatgca tgactatctg 781 acgggaggtt ttactgcaaa tacttctttg gctcattatt gccgagacaa cggcctactt 841 cttcacattc accgcgcgat gcatgcagtt attgacagac aaagaaatca tggcatgcat 901 ttccgtgtac tggctaaagc attgcgtatg tccggtggag atcatattca cgccggtact 961 gtagtaggta aacttgaagg ggaacgagaa gtcactttag ggtttgttga tctactgcgt 1021 gatgatttta ttgaaaaaga tcgaagtcgt ggtatttact tcactcaaga ctgggtatct 1081 atgccaggtg ttctgcccgt agcttcagga ggtattcacg tttggcatat gcctgctctg 1141 accgagatct ttggggatga ttccgtacta cagtttggtg ggggaacttt ggggcaccct 1201 tggggaaatg cgcctggtgc agtagctaat cgggttgctc tagaagcttg tgtacaagct 1261 cgtaatgaag gacgtgatct tgctcgtgaa ggtaatgaag tgatccgtga agct // 從這里看不到引物的序列，這個是怎么解釋？即序列提交時候以什么為準，比如從上下游引物開始信息都算，或者其它？ |
5樓2012-06-04 00:13:06
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