版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進(jìn)行手機(jī)號驗證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

返回列表

【獎勵】本帖被評價18次，作者dbb627增加金幣 12.8 個

dbb627

榮譽(yù)版主 (著名寫手)

[資源] Matlab 實現(xiàn)DGGE電泳圖譜的泳道多樣性指數(shù)，相似性指數(shù)，泳道聚類分析

前段時間寫了一點(diǎn)Matlab的使用心得，大家討論很熱烈，里面關(guān)于DGGE分析的部分，很多蟲友有興趣，我在這里完整貼出來，供大家學(xué)習(xí)參考。有什么不對的地方歡迎大家批評指正。
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4340045
http://www.dxy.cn/bbs/topic/13125577
1，首先 Gel Pro Analyzer或者其他電泳圖片分析軟件對DGGE圖譜數(shù)據(jù)化
2，Gel Pro Analyzer將DGGE圖譜數(shù)據(jù)導(dǎo)入excel
3，matlab讀取excel的數(shù)據(jù)，用matlab程序分析。
附件中有matlab程序文件和用于計算的數(shù)據(jù)amout.xls

CODE:

function DGGEdataanalysis(data)

%輸入的數(shù)據(jù)為Gel pro plus或者其他凝膠分析

%軟件得到的關(guān)于泳道比移值或者各個泳道亮度數(shù)據(jù)

%為了后續(xù)所有分析能繼續(xù)，建議用各個泳道亮度數(shù)據(jù)

%Shannon-Wiener多樣性指數(shù)H=-∑Pln(P)

%相似性指數(shù)S=2Lab/(La+Lb) Lab為a,b泳道都存在的條帶數(shù)

%example

%x1=xlsread('amout.xls')

%DGGEdataanalysis(x1)

%作者：dbb627

%dbb627[at=923817]163.com[/at]

%2012 .6.1

%=========泳道的多樣性指數(shù)=====

X=data;

[m,n]=size(X);

 S=cell(1,n);

 for i=1:n

 S{1,i}=['Lane',num2str(i)];

 end

y1=DGGEdivsityindex(X)

figure;

lane=1:n;

bar(lane,y1)

set(gca,  'XTickLabel',S, 'XTick',lane);

title('各泳道的Shannon-Wiener多樣性指數(shù)')

%========泳道間的相似性指數(shù)====

y2=DGGEsimilaritymatrix(data)

%=====泳道間的聚類分析=====

 Z=linkage(y2,'average');

 figure;

 dendrogram(Z,n,'ORIENTATION','left','LABELS',S)

 title('泳道間的聚類分析')

function  y=DGGEsimilaritymatrix(X)

%計算DGGE圖譜各泳道間的相似性指數(shù)組成相似矩陣

%輸入?yún)?shù)x為圖譜的泳道的亮度（灰度）或者比移值矩陣

[M,N]=size(X);

Xc=zeros(1,N);

Same=zeros(N,N);

similaritymatrix=zeros(N,N);

for i=1:N

    for j=1:M

        if X(j,i)>0

            Xc(1,i)=Xc(1,i)+1;

        end

    end

end

Xc;

for i=1:N

    for k=1:N

        for j=1:M

            if (X(j,i)>0)&(X(j,k)>0)

                Same(i,k)= Same(i,k)+1;

            end

        end

    end

end

Same;

for i=1:N

    for k=1:N

        similaritymatrix(i,k)=2*Same(i,k)/(Xc(1,i)+Xc(1,k));

    end

end

y=similaritymatrix;

function y=DGGEdivsityindex(x)

%計算DGGE圖譜各泳道的多樣性指數(shù)

%輸入?yún)?shù)x為圖譜的泳道的亮度（灰度）矩陣

[M,N]=size(x);

divsityindex=zeros(1,N);

for i=1:N

    P=x(:,i);

Sumc(i)=sum(P(P>0));

end

for i=1:N

    for j=1:M-1

        if x(j,i)>0

            divsityindex(1,i)=divsityindex(1,i)-x(j,i)/Sumc(i)*log(x(j,i)/Sumc(i));

        else

         divsityindex(1,i)=divsityindex(1,i)+0;

        end

    end

end

y=divsityindex;

[ 來自科研家族博士樂園 ][ Last edited by dbb627 on 2012-6-1 at 17:27 ]

回復(fù)此樓

» 本帖附件資源列表

歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對版權(quán)有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com
附件 1 : amout.xls

2012-06-01 16:24:29, 23.5 K

附件 2 : DGGEdataanalysis.m

2012-06-01 17:27:04, 1.88 K

» 收錄本帖的淘帖專輯推薦

dgge	學(xué)習(xí)

» 猜你喜歡

不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計，解析生命機(jī)制的重要載體已經(jīng)有0人回復(fù)
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線已經(jīng)有0人回復(fù)
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)? 已經(jīng)有139人回復(fù)
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千” 已經(jīng)有0人回復(fù)
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI” 已經(jīng)有0人回復(fù)
納米粒度分析已經(jīng)有3人回復(fù)
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京已經(jīng)有0人回復(fù)
留學(xué)--博士招生已經(jīng)有16人回復(fù)
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限已經(jīng)有4人回復(fù)
邵陽學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑已經(jīng)有0人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

RNA提取后跑膠泳道條帶彌散，有亮帶，請教這是什么原因呢？已經(jīng)有26人回復(fù)
最近DGGE怎么都沒有條帶啊？而且泳道很模糊已經(jīng)有3人回復(fù)
matlab如何實現(xiàn)數(shù)據(jù)流聚類過程模擬的已經(jīng)有10人回復(fù)
DGGE的電泳圖，懂得朋友進(jìn)來指點(diǎn)下。已經(jīng)有4人回復(fù)
DGGE條帶聚類分析得到的樹狀圖橫線上的數(shù)字代表什么意思？有什么意義？已經(jīng)有3人回復(fù)
誰用過Gel-pro analyzer? 已經(jīng)有5人回復(fù)
DGGE 垂直電泳灌膠技術(shù) 各位大俠幫幫忙已經(jīng)有13人回復(fù)
利用matlab怎么獲得平均譜圖？已經(jīng)有5人回復(fù)
如何用quantity one對DGGE電泳條帶進(jìn)行數(shù)字化已經(jīng)有4人回復(fù)
用Quantity one分析DGGE電泳結(jié)果，如果計算Shannon多樣性指數(shù) 已經(jīng)有11人回復(fù)

1樓 2012-06-01 16:25:52

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

回帖置頂 ( 共有4個 )

dbb627

榮譽(yù)版主 (著名寫手)

計算的結(jié)果如下
y1 =

2.4855 2.9451 2.8280 2.9727

y2 =

1.0000 0.6341 0.7179 0.6341
0.6341 1.0000 0.7391 0.7917
0.7179 0.7391 1.0000 0.7826
0.6341 0.7917 0.7826 1.0000

各泳道的Shannon-Wiener多樣性指數(shù)

泳道間的聚類分析

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2012-06-01 16:29:51

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

在雨中

金蟲 (著名寫手)

★ 一星級,一般

既然已經(jīng)有excel的DGGE數(shù)據(jù)了，何必還要matlab呢？
那么多現(xiàn)成的統(tǒng)計軟件可以對這些DGGE數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的啦！

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2012-06-04 09:55:29

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

dbb627

榮譽(yù)版主 (著名寫手)

引用回帖:

4樓: Originally posted by 在雨中 at 2012-06-04 09:55:29
既然已經(jīng)有excel的DGGE數(shù)據(jù)了，何必還要matlab呢？
那么多現(xiàn)成的統(tǒng)計軟件可以對這些DGGE數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的啦！

這個看個人使用喜好，如果對Excel VBA熟悉，excel就可以做，只不過我對matlab比較熟悉，編程簡單，函數(shù)豐富。所以用matlab做也沒有什么不可以吧。

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2012-06-04 14:12:23

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

xhangela

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 183.3
帖子: 12
在線: 6.9小時
蟲號: 1399308

★ 一星級,一般

學(xué)習(xí)matlab中~~~~~~~·

贊一下

回復(fù)此樓

6樓2012-06-04 15:39:47

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

紫蘇云

木蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 2076.4
帖子: 236
在線: 129.8小時
蟲號: 1114395

★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦

多謝樓主指點(diǎn)~

回復(fù)此樓

13樓2013-01-13 14:31:13

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

紫蘇云

木蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 2076.4
帖子: 236
在線: 129.8小時
蟲號: 1114395

樓主是否有Gel-Pro Analyzer軟件？壇子里面搜不到能下載的。。。
多謝幫忙��！

贊一下

回復(fù)此樓

14樓2013-01-13 14:42:05

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

banyanwr

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 20.5
帖子: 3
在線: 6.4小時
蟲號: 823906

★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦

做個實驗就不容易了分析個數(shù)據(jù)還這么麻煩……

贊一下

回復(fù)此樓

15樓2013-07-21 16:57:48

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

sososmile47

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 1
帖子: 1
在線: 16分鐘
蟲號: 3023546

★★★ 三星級,支持鼓勵

一直以為用quantity one 能直接分析，感謝樓主

贊一下

回復(fù)此樓

20樓2014-03-06 16:45:39

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

chyz_jun

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 52
帖子: 1
在線: 56分鐘
蟲號: 2385127

★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦

一直在找這個~~終于找到了~~~

贊一下

回復(fù)此樓

23樓2014-05-06 11:12:35

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

康斯坦丁心醫(yī)

新蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 3969.7
帖子: 1442
在線: 75.5小時
蟲號: 2726644

★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦

R也可以做吧

回復(fù)此樓

26樓2015-01-26 20:50:26

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

穿越唐朝

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 0.6
帖子: 11
在線: 6.4小時
蟲號: 2646229

引用回帖:

2樓: Originally posted by dbb627 at 2012-06-01 16:29:51
計算的結(jié)果如下
y1 =

2.4855 2.9451 2.8280 2.9727

y2 =

1.0000 0.6341 0.7179 0.6341
0.6341 1.0000 0.7391 0.7917
0.7179 0.7391 1.0000 0.7 ...

為什么編程之后y=DGGEsimilaritymatrix只出現(xiàn)X的值，same和y的值沒出現(xiàn)呢

贊一下

回復(fù)此樓

27樓2015-03-30 09:15:03

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

簡單回復(fù)

yzm8694757473樓

2012-06-02 12:01 回復(fù)

五星好評頂一下，感謝分享！

bianliang5555517樓

2012-06-04 19:36 回復(fù)

五星好評

王金華8樓

2012-06-14 16:22 回復(fù)

五星好評頂一下，感謝分享！

ericexist9樓

2012-11-29 11:25 回復(fù)

五星好評頂一下，感謝分享！

ericexist10樓

2012-11-29 11:25 回復(fù)

頂一下，感謝分享！

yzlfjnl11樓

2012-12-08 23:15 回復(fù)

五星好評頂一下，感謝分享！

yzlfjnl12樓

2012-12-08 23:15 回復(fù)

頂一下，感謝分享！

lance-tan16樓

2013-07-22 17:52 回復(fù)

五星好評頂一下，感謝分享！

buda71617樓

2014-02-23 21:53 回復(fù)

三星好評頂一下，感謝分享！

huala201318樓

2014-02-24 08:47 回復(fù)

五星好評頂一下，感謝分享！

huala201319樓

2014-02-24 08:49 回復(fù)

huala201321樓

2014-03-07 08:29 回復(fù)

頂一下，感謝分享！

feng007hui22樓

2014-03-19 14:49 回復(fù)

五星好評頂一下，感謝分享！

stephenallan24樓

2014-05-18 10:46 回復(fù)

三星好評頂一下，感謝分享！

drchenxi25樓

2014-05-22 19:54 回復(fù)

三星好評頂一下，感謝分享！

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 dbb627 的主題更新

返回列表

☆ 無星級 ★ 一星級 ★★★ 三星級 ★★★★★ 五星級

普通表情龍兔虎貓高級回復(fù) (可上傳附件)

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 316求調(diào)劑 +7	江辭666 2026-03-26	7/350	2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 071000生物學(xué)求調(diào)劑，初試成績343 +7	小小甜面團(tuán) 2026-03-25	7/350	2026-03-28 20:25 by 唐沐兒
[考研] 調(diào)劑310 +6	溫柔的晚安 2026-03-25	7/350	2026-03-28 16:04 by qq2000
[考研] 394求調(diào)劑 +3	好事多磨靜候佳?/a> 2026-03-26	5/250	2026-03-28 14:24 by 唐沐兒
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +8	邱gl 2026-03-27	8/400	2026-03-28 12:42 by 唐沐兒
[考研] 材料求調(diào)劑一志愿哈工大總分298分，前三科223分 +5	dongfang59 2026-03-27	5/250	2026-03-28 04:53 by wxiongid
[考研] 331環(huán)境科學(xué)與工程求調(diào)劑 +3	熠然好運(yùn)氣 2026-03-27	3/150	2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 085701環(huán)境工程求調(diào)劑 +9	多久上課 2026-03-27	9/450	2026-03-28 03:58 by fmesaito
[考研] 一志愿211，335分，0856，求調(diào)劑院校和導(dǎo)師 +4	傾____蕭 2026-03-27	5/250	2026-03-27 11:52 by zhshch
[考研] 求調(diào)劑，一志愿南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +4	@taotao 2026-03-26	5/250	2026-03-27 08:10 by hypershenger
[考研] 325求調(diào)劑 +3	Aoyijiang 2026-03-23	3/150	2026-03-26 20:46 by 不吃魚的貓
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +3	崔wj 2026-03-26	3/150	2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 352求調(diào)劑 +4	大米飯！ 2026-03-22	4/200	2026-03-26 16:40 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿南京郵電大學(xué) 288分材料考研求調(diào)劑 +3	jl0720 2026-03-26	3/150	2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 290分調(diào)劑求助 +3	吉祥止止陳 2026-03-25	3/150	2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 網(wǎng)絡(luò)空間安全0839招調(diào)劑 +4	w320357296 2026-03-25	6/300	2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] B區(qū)考研調(diào)劑 +4	yqdszhdap－ 2026-03-22	5/250	2026-03-25 08:51 by baoball
[考研] 一志愿武理085500機(jī)械專業(yè)總分300求調(diào)劑 +3	an10101 2026-03-24	7/350	2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
[考研] 300分，材料，求調(diào)劑，英一數(shù)二 +5	超贊的 2026-03-24	5/250	2026-03-24 21:07 by 星空星月
[考研] 315分，誠求調(diào)劑，材料與化工085600 +3	13756423260 2026-03-22	3/150	2026-03-22 20:11 by edmund7

24小時熱門版塊排行榜

[資源] Matlab 實現(xiàn)DGGE電泳圖譜的 泳道多樣性指數(shù)，相似性指數(shù)，泳道聚類分析

» 本帖附件資源列表

» 收錄本帖的淘帖專輯推薦

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

★ 一星級,一般

★ 一星級,一般

★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦

★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦

★★★ 三星級,支持鼓勵

★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦

★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦

[資源] Matlab 實現(xiàn)DGGE電泳圖譜的泳道多樣性指數(shù)，相似性指數(shù)，泳道聚類分析

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助: