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dbb627

榮譽(yù)版主 (著名寫(xiě)手)

[資源] Matlab 實(shí)現(xiàn)DGGE電泳圖譜的泳道多樣性指數(shù)，相似性指數(shù)，泳道聚類(lèi)分析

前段時(shí)間寫(xiě)了一點(diǎn)Matlab的使用心得，大家討論很熱烈，里面關(guān)于DGGE分析的部分，很多蟲(chóng)友有興趣，我在這里完整貼出來(lái)，供大家學(xué)習(xí)參考。有什么不對(duì)的地方歡迎大家批評(píng)指正。
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4340045
http://www.dxy.cn/bbs/topic/13125577
1，首先 Gel Pro Analyzer或者其他電泳圖片分析軟件對(duì)DGGE圖譜數(shù)據(jù)化
2，Gel Pro Analyzer將DGGE圖譜數(shù)據(jù)導(dǎo)入excel
3，matlab讀取excel的數(shù)據(jù)，用matlab程序分析。
附件中有matlab程序文件和用于計(jì)算的數(shù)據(jù)amout.xls

CODE:

function DGGEdataanalysis(data)

%輸入的數(shù)據(jù)為Gel pro plus或者其他凝膠分析

%軟件得到的關(guān)于泳道比移值或者各個(gè)泳道亮度數(shù)據(jù)

%為了后續(xù)所有分析能繼續(xù)，建議用各個(gè)泳道亮度數(shù)據(jù)

%Shannon-Wiener多樣性指數(shù)H=-∑Pln(P)

%相似性指數(shù)S=2Lab/(La+Lb) Lab為a,b泳道都存在的條帶數(shù)

%example

%x1=xlsread('amout.xls')

%DGGEdataanalysis(x1)

%作者：dbb627

%dbb627[at=923817]163.com[/at]

%2012 .6.1

%=========泳道的多樣性指數(shù)=====

X=data;

[m,n]=size(X);

 S=cell(1,n);

 for i=1:n

 S{1,i}=['Lane',num2str(i)];

 end

y1=DGGEdivsityindex(X)

figure;

lane=1:n;

bar(lane,y1)

set(gca,  'XTickLabel',S, 'XTick',lane);

title('各泳道的Shannon-Wiener多樣性指數(shù)')

%========泳道間的相似性指數(shù)====

y2=DGGEsimilaritymatrix(data)

%=====泳道間的聚類(lèi)分析=====

 Z=linkage(y2,'average');

 figure;

 dendrogram(Z,n,'ORIENTATION','left','LABELS',S)

 title('泳道間的聚類(lèi)分析')

function  y=DGGEsimilaritymatrix(X)

%計(jì)算DGGE圖譜各泳道間的相似性指數(shù)組成相似矩陣

%輸入?yún)?shù)x為圖譜的泳道的亮度（灰度）或者比移值矩陣

[M,N]=size(X);

Xc=zeros(1,N);

Same=zeros(N,N);

similaritymatrix=zeros(N,N);

for i=1:N

    for j=1:M

        if X(j,i)>0

            Xc(1,i)=Xc(1,i)+1;

        end

    end

end

Xc;

for i=1:N

    for k=1:N

        for j=1:M

            if (X(j,i)>0)&(X(j,k)>0)

                Same(i,k)= Same(i,k)+1;

            end

        end

    end

end

Same;

for i=1:N

    for k=1:N

        similaritymatrix(i,k)=2*Same(i,k)/(Xc(1,i)+Xc(1,k));

    end

end

y=similaritymatrix;

function y=DGGEdivsityindex(x)

%計(jì)算DGGE圖譜各泳道的多樣性指數(shù)

%輸入?yún)?shù)x為圖譜的泳道的亮度（灰度）矩陣

[M,N]=size(x);

divsityindex=zeros(1,N);

for i=1:N

    P=x(:,i);

Sumc(i)=sum(P(P>0));

end

for i=1:N

    for j=1:M-1

        if x(j,i)>0

            divsityindex(1,i)=divsityindex(1,i)-x(j,i)/Sumc(i)*log(x(j,i)/Sumc(i));

        else

         divsityindex(1,i)=divsityindex(1,i)+0;

        end

    end

end

y=divsityindex;

[ 來(lái)自科研家族博士樂(lè)園 ][ Last edited by dbb627 on 2012-6-1 at 17:27 ]

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附件 1 : amout.xls

2012-06-01 16:24:29, 23.5 K

附件 2 : DGGEdataanalysis.m

2012-06-01 17:27:04, 1.88 K

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1樓 2012-06-01 16:25:52

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dbb627

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計(jì)算的結(jié)果如下
y1 =

2.4855 2.9451 2.8280 2.9727

y2 =

1.0000 0.6341 0.7179 0.6341
0.6341 1.0000 0.7391 0.7917
0.7179 0.7391 1.0000 0.7826
0.6341 0.7917 0.7826 1.0000

各泳道的Shannon-Wiener多樣性指數(shù)

泳道間的聚類(lèi)分析

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2樓2012-06-01 16:29:51

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在雨中

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既然已經(jīng)有excel的DGGE數(shù)據(jù)了，何必還要matlab呢？
那么多現(xiàn)成的統(tǒng)計(jì)軟件可以對(duì)這些DGGE數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的啦！

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4樓2012-06-04 09:55:29

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dbb627

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引用回帖:

4樓: Originally posted by 在雨中 at 2012-06-04 09:55:29
既然已經(jīng)有excel的DGGE數(shù)據(jù)了，何必還要matlab呢？
那么多現(xiàn)成的統(tǒng)計(jì)軟件可以對(duì)這些DGGE數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的啦！

這個(gè)看個(gè)人使用喜好，如果對(duì)Excel VBA熟悉，excel就可以做，只不過(guò)我對(duì)matlab比較熟悉，編程簡(jiǎn)單，函數(shù)豐富。所以用matlab做也沒(méi)有什么不可以吧。

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5樓2012-06-04 14:12:23

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xhangela

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★ 一星級(jí),一般

學(xué)習(xí)matlab中~~~~~~~·

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6樓2012-06-04 15:39:47

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紫蘇云

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多謝樓主指點(diǎn)~

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13樓2013-01-13 14:31:13

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紫蘇云

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樓主是否有Gel-Pro Analyzer軟件？壇子里面搜不到能下載的。。。
多謝幫忙啊！

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14樓2013-01-13 14:42:05

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banyanwr

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做個(gè)實(shí)驗(yàn)就不容易了分析個(gè)數(shù)據(jù)還這么麻煩……

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15樓2013-07-21 16:57:48

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sososmile47

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一直以為用quantity one 能直接分析，感謝樓主

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20樓2014-03-06 16:45:39

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chyz_jun

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23樓2014-05-06 11:12:35

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R也可以做吧

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26樓2015-01-26 20:50:26

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引用回帖:

2樓: Originally posted by dbb627 at 2012-06-01 16:29:51
計(jì)算的結(jié)果如下
y1 =

2.4855 2.9451 2.8280 2.9727

y2 =

1.0000 0.6341 0.7179 0.6341
0.6341 1.0000 0.7391 0.7917
0.7179 0.7391 1.0000 0.7 ...

為什么編程之后y=DGGEsimilaritymatrix只出現(xiàn)X的值，same和y的值沒(méi)出現(xiàn)呢

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27樓2015-03-30 09:15:03

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