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Hi小木蟲(chóng)新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
如何處理大量的fasta格式的rna序列
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我在ncbi上下載了上千個(gè)序列,急需一個(gè)簡(jiǎn)單一點(diǎn)的方法來(lái)處理,謝謝了！�。�！ 具體是在記事本上以fasta格式打開(kāi)，將類(lèi)似于 >gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT............... 轉(zhuǎn)化為 >EU845739 GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG >EU845740 CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG AGCTTGCTCTTCAAC....... 希望有經(jīng)驗(yàn)的好心人速度救命，我快被它折磨死了。 |
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gaoyang636
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silicare: 金幣+10, BioEPI+1, 應(yīng)助指數(shù)+1 2012-06-08 13:37:50
silicare: 金幣+10, BioEPI+1, 應(yīng)助指數(shù)+1 2012-06-08 13:37:50
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lz你好，給你寫(xiě)了個(gè)小腳本； 運(yùn)行前需要安裝Perl，Windows平臺(tái)可以使用這個(gè)下載地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads 安裝完之后，把你需要處理的fasta文件和這個(gè)腳本發(fā)到一個(gè)文件夾下，在cmd下輸入"rename.pl your_file" 即可 有問(wèn)題歡迎留言 |
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2012-06-02 15:15:28, 371 bytes
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
Hi小木蟲(chóng)4樓2012-06-02 15:18:06
gaoyang636
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3樓2012-06-02 15:01:44
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9樓2012-06-07 17:00:07
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Hi小木蟲(chóng): 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 問(wèn)題已解決 2012-06-08 12:26:17
Hi小木蟲(chóng): 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 問(wèn)題已解決 2012-06-08 12:26:17
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這應(yīng)該是沒(méi)有包含 后綴的原因 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
12樓2012-06-08 08:53:16
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8樓2012-06-07 16:10:56
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