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Hi小木蟲新蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何處理大量的fasta格式的rna序列
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我在ncbi上下載了上千個序列,急需一個簡單一點的方法來處理,謝謝了！�。�！ 具體是在記事本上以fasta格式打開，將類似于 >gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT............... 轉(zhuǎn)化為 >EU845739 GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG >EU845740 CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG AGCTTGCTCTTCAAC....... 希望有經(jīng)驗的好心人速度救命，我快被它折磨死了。 |
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gaoyang636
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gaoyang636
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【答案】應(yīng)助回帖
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silicare: 金幣+10, BioEPI+1, 應(yīng)助指數(shù)+1 2012-06-08 13:37:50
silicare: 金幣+10, BioEPI+1, 應(yīng)助指數(shù)+1 2012-06-08 13:37:50
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lz你好，給你寫了個小腳本； 運行前需要安裝Perl，Windows平臺可以使用這個下載地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads 安裝完之后，把你需要處理的fasta文件和這個腳本發(fā)到一個文件夾下，在cmd下輸入"rename.pl your_file" 即可 有問題歡迎留言 |
Hi小木蟲4樓2012-06-02 15:18:06
Hi小木蟲
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5樓2012-06-05 11:17:01
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