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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » MS分析二面角分布
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[求助]
MS分析二面角分布
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用MS/Discover模塊跑完動力學(xué)，想要分析二面角的數(shù)據(jù)，遇到了問題。把我的操作過程寫下，請各位高手看看哪里有問題，請多多指教！ 1. 按正常步驟跑完MD，總時間100 ps，沒10 fs輸出一次構(gòu)型； 2. 選擇所需分析的二面角，選擇菜單欄里的 Edit/Edit Sets，點擊 New 添加該角度，并命名為D1; 3. 選擇菜單欄里的 Modules/Discover/Analysis 打開 Discover Analysis對話框，選擇 Dihedral distribution，點擊 Define/Add to list，然后選擇 Choose sets 的下拉菜單，這時應(yīng)該出現(xiàn)已經(jīng)定義過的 D1了吧？但我這里什么都沒有。 請懂行的指點一下，謝謝！ |
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zh1987hs: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-06-19 18:59:23
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你可以新建一個 .xsd文件，手動畫一個二面角，假如你想做一個 HCCH的二面角，那就畫一個HCCH，保持該文件激活狀態(tài)。然后選Edit/Find Patterns，在Pattern document下拉菜單里選中該二面角的文件，Match property選擇Element Type，點擊New Sets給這個二面角起一個名字，如：DA 。然后打開你要分析的通常是.xtd軌跡文件，這時候點擊Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定義的二面角了。再選Modules/Discover/Analysis/Structual/Dihedral distribution, Define, Add to list, Choose sets選剛才定義過的角度的名稱，如：D1，點擊Analyze，稍等一會兒就可以了。不過有時候軟件沒有響應(yīng)，不知道是什么問題。希望能幫到你！ |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
7樓2012-06-12 09:43:26
2樓2012-06-05 09:22:40
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3樓2012-06-05 11:32:31
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8樓2012-06-12 10:19:24
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10樓2012-06-19 20:36:16
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