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[求助] MS分析二面角分布

用MS/Discover模塊跑完動(dòng)力學(xué)，想要分析二面角的數(shù)據(jù)，遇到了問(wèn)題。把我的操作過(guò)程寫下，請(qǐng)各位高手看看哪里有問(wèn)題，請(qǐng)多多指教！
1. 按正常步驟跑完MD，總時(shí)間100 ps，沒(méi)10 fs輸出一次構(gòu)型；
2. 選擇所需分析的二面角，選擇菜單欄里的 Edit/Edit Sets，點(diǎn)擊 New 添加該角度，并命名為D1;
3. 選擇菜單欄里的 Modules/Discover/Analysis 打開(kāi) Discover Analysis對(duì)話框，選擇 Dihedral distribution，點(diǎn)擊 Define/Add to list，然后選擇 Choose sets 的下拉菜單，這時(shí)應(yīng)該出現(xiàn)已經(jīng)定義過(guò)的 D1了吧？但我這里什么都沒(méi)有。

請(qǐng)懂行的指點(diǎn)一下，謝謝！

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1樓 2012-06-02 10:47:51

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引用回帖:

6樓: Originally posted by 青菜001 at 2012-06-11 15:43:49
樓主能不能分享一下如何定義二面角啊，我用help怎么也沒(méi)找到怎么定義呢

你可以新建一個(gè) .xsd文件，手動(dòng)畫一個(gè)二面角，假如你想做一個(gè) HCCH的二面角，那就畫一個(gè)HCCH，保持該文件激活狀態(tài)。然后選Edit/Find Patterns，在Pattern document下拉菜單里選中該二面角的文件，Match property選擇Element Type，點(diǎn)擊New Sets給這個(gè)二面角起一個(gè)名字，如：DA 。然后打開(kāi)你要分析的通常是.xtd軌跡文件，這時(shí)候點(diǎn)擊Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定義的二面角了。再選Modules/Discover/Analysis/Structual/Dihedral distribution, Define, Add to list, Choose sets選剛才定義過(guò)的角度的名稱，如：D1，點(diǎn)擊Analyze，稍等一會(huì)兒就可以了。不過(guò)有時(shí)候軟件沒(méi)有響應(yīng)，不知道是什么問(wèn)題。希望能幫到你！

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青菜001

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7樓2012-06-12 09:43:26

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沒(méi)人回復(fù)啊，在線等...

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2樓2012-06-05 09:22:40

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zh1987hs: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2012-06-06 18:16:38

是不是應(yīng)該把所有這一類型的二面角都選中，而不是只選擇這一個(gè)。�？刹豢梢阅脕�(lái)軌跡看看

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3樓2012-06-05 11:32:31

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選一個(gè)如何看分布？縱橫坐標(biāo)分別是什么呢

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4樓2012-06-06 16:06:30

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zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2012-06-07 14:31:06
mengsk: 金幣+10, ★★★很有幫助, 恩，你說(shuō)得對(duì)，我看了help，現(xiàn)在已經(jīng)做出來(lái)了，不過(guò)有時(shí)還是不能做，不知道是不是盜版軟件的bug 2012-06-07 17:07:56

這樣定義set是不行的，得用edit里的findpattern，然后定義set，看一下help里面是怎么定義set的

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分子模擬

5樓2012-06-07 10:20:29

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樓主能不能分享一下如何定義二面角啊，我用help怎么也沒(méi)找到怎么定義呢

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6樓2012-06-11 15:43:49

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引用回帖:

7樓: Originally posted by mengsk at 2012-06-12 09:43:26
你可以新建一個(gè) .xsd文件，手動(dòng)畫一個(gè)二面角，假如你想做一個(gè) HCCH的二面角，那就畫一個(gè)HCCH，保持該文件激活狀態(tài)。然后選Edit/Find Patterns，在Pattern document下拉菜單里選中該二面角的文件，Match property選 ...

非常感謝，謝謝樓主的幫忙。

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8樓2012-06-12 10:19:24

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剛剛看了樓主的帖子，正好在找怎樣計(jì)算二面角分布。我按照l(shuí)z的步驟操作了，但是到“然后打開(kāi)你要分析的通常是.xtd軌跡文件，這時(shí)候點(diǎn)擊Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定義的二面角了。”這一步時(shí)并沒(méi)有標(biāo)出我軌跡文件中所需要的二面角�。� 出現(xiàn)了錯(cuò)誤：“No appropriate selections have been made in the Pattern Document." 這是怎么回事呢？？

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看見(jiàn)的不一定就是真相

9樓2012-06-19 16:42:00

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引用回帖:

9樓: Originally posted by Toma at 2012-06-19 16:42:00
剛剛看了樓主的帖子，正好在找怎樣計(jì)算二面角分布。我按照l(shuí)z的步驟操作了，但是到“然后打開(kāi)你要分析的通常是.xtd軌跡文件，這時(shí)候點(diǎn)擊Find Patterns里的Find，就能找到.xtd文件里的所有的定義的二面角了。”這一步 ...

這個(gè)我沒(méi)遇到過(guò)，也不清楚，MS經(jīng)常出現(xiàn)這樣那樣的錯(cuò)誤，同樣的方法有時(shí)候也不好用。

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10樓2012-06-19 20:36:16

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