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way2009way6860金蟲 (正式寫手)
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[求助]
Autodock 軟件模擬需要多長(zhǎng)時(shí)間？
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用Autodock 軟件模擬兩個(gè)分子與一個(gè)DNA的分子對(duì)接需要多長(zhǎng)時(shí)間？ 跑動(dòng)力學(xué)需要多久？ |
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houxuben
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-06-03 10:20:08
way2009way6860: 金幣+1, 謝謝。你能計(jì)算動(dòng)力學(xué)嗎？ 2012-06-03 12:06:30
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-06-03 10:20:08
way2009way6860: 金幣+1, 謝謝。你能計(jì)算動(dòng)力學(xué)嗎？ 2012-06-03 12:06:30
| 還有，上面說(shuō)的時(shí)間是用PC機(jī)對(duì)接的，而AUTODOCK只做分子對(duì)接，不能搞MD，做MD得用AMBER\CHARMM\GROMACS等軟件，如果個(gè)人計(jì)算機(jī)的話，跑個(gè)ns級(jí)別的估計(jì)得幾十天，要求再高的話得用集群或者超算了。。。 |
4樓2012-06-03 09:39:40
auybv
金蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-06-03 00:09:09
way2009way6860: 金幣+2, ★★★很有幫助, 謝謝，我才知道這個(gè)軟件沒(méi)有動(dòng)力學(xué)模擬程序 2012-06-03 12:06:03
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-06-03 00:09:09
way2009way6860: 金幣+2, ★★★很有幫助, 謝謝，我才知道這個(gè)軟件沒(méi)有動(dòng)力學(xué)模擬程序 2012-06-03 12:06:03
| 這個(gè)很難回答，和你的體系大小，設(shè)置的盒子的大小以及其他一些參數(shù)都有很大關(guān)系，和計(jì)算機(jī)的速度關(guān)系也很大。另外Autodock本身就是進(jìn)行分子對(duì)接的，怎么跑動(dòng)力學(xué)呢？一般都是把對(duì)接好的結(jié)構(gòu)拿到動(dòng)力學(xué)模擬程序中進(jìn)行模擬。 |
2樓2012-06-02 22:30:41
houxuben
木蟲 (正式寫手)
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3樓2012-06-03 09:37:27
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