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[求助] 提交siesta任務(wù)計算失敗

請教siesta的output文件提示這個是什么意思：

p0_17810: p4_error: Child process exited while making connection to remote process on c0108: 0
p0_17810: (6.070312) net_send: could not write to fd=4, errno = 32

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1樓 2012-06-06 16:58:02

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
fzx2008: 金幣+2, 謝謝指教 2012-06-06 23:55:21

你是不是跨節(jié)點運行了？

你的節(jié)點和節(jié)點靠什么物理鏈接呢？

估計你的這個節(jié)點間的鏈接有問題了，有可能堵塞了。

如果你這個并行網(wǎng)絡(luò)不是很好的話，盡量用節(jié)點內(nèi)部并行。

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2樓2012-06-06 23:24:02

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引用回帖:

2樓: Originally posted by zhangguangping at 2012-06-06 23:24:02
你是不是跨節(jié)點運行了？

你的節(jié)點和節(jié)點靠什么物理鏈接呢？

估計你的這個節(jié)點間的鏈接有問題了，有可能堵塞了。

如果你這個并行網(wǎng)絡(luò)不是很好的話，盡量用節(jié)點內(nèi)部并行。

謝謝您的回復(fù)。我是在主節(jié)點提交任務(wù)的。不懂您說的“節(jié)點和節(jié)點靠什么物理鏈接”是什么意思？但是在分節(jié)點提交也不行

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3樓2012-06-07 10:09:36

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

3樓: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-06-07 10:09:36
謝謝您的回復(fù)。我是在主節(jié)點提交任務(wù)的。不懂您說的“節(jié)點和節(jié)點靠什么物理鏈接”是什么意思？但是在分節(jié)點提交也不行...

那就把你提交任務(wù)的腳本拿出來看一下吧。

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4樓2012-06-07 10:18:13

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引用回帖:

4樓: Originally posted by zhangguangping at 2012-06-07 10:18:13
那就把你提交任務(wù)的腳本拿出來看一下吧。...

[lxiong@console LV30-k1]$ vi pbssiesta

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -N Si3N4
#PBS -l walltime=480:00:00
#PBS -l cput=480:00:00
#PBS -q students
cd $PBS_O_WORKDIR
echo `cat $PBS_NODEFILE`
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo This job has allocated $NPROCS nodes
mpirun -machinefile  $PBS_NODEFILE -np $NPROCS /export/software/siesta-3.0-rc2/O
bj/siesta < in.fdf|tee output
~
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~
"pbssiesta" [readonly] 11L, 341C                            11,1       All
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -N Si3N4
#PBS -l walltime=480:00:00
#PBS -l cput=480:00:00
#PBS -q students
cd $PBS_O_WORKDIR
echo `cat $PBS_NODEFILE`
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo This job has allocated $NPROCS nodes
mpirun -machinefile  $PBS_NODEFILE -np $NPROCS /export/software/siesta-3.0-rc2/Obj/siesta < in.fdf|tee output
~
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~
[lxiong@console LV30-k1]$ qsub pbssiesta
4896.console
立即查看：
[lxiong@console LV30-k1]$ qstat
Job id                   Name          User          Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
4896.console             Si3N4          lxiong                0 R students
再次查看已經(jīng)停止計算了：
[lxiong@console LV30-k1]$ qstat
Job id                   Name          User          Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
4896.console             Si3N4          lxiong       00:00:00 C students

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5樓2012-06-08 09:14:08

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liliangfang: 金幣+1, 謝謝提示 2012-06-08 16:45:14

引用回帖:

5樓: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-06-08 09:14:08
$ vi pbssiesta

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -N Si3N4
#PBS -l walltime=480:00:00
#PBS -l cput=480:00:00
#PBS -q students
cd $PBS_O_WORK ...

看來不是你的腳本的問題。
我想問一下，是不是你這個mpi版本是mpich��？你以前能運行的siesta程序是用這個mpich執(zhí)行的嗎？我估計你的這個mpich安裝完畢后，就沒有成功并行過。也就是說你的mpich沒有安裝好。你需要重新安裝。另外你的免密碼登錄用是rsh還是ssh，如果是ssh的話，在安裝mpich的時候是不是在配置的時候要指定-rsh=/usr/bin/ssh

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6樓2012-06-08 10:20:28

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引用回帖:

6樓: Originally posted by zhangguangping at 2012-06-08 10:20:28
看來不是你的腳本的問題。
我想問一下，是不是你這個mpi版本是mpich��？你以前能運行的siesta程序是用這個mpich執(zhí)行的嗎？我估計你的這個mpich安裝完畢后，就沒有成功并行過。也就是說你的mpich沒有安裝好。你需要 ...

我們這里有個學(xué)生用siesta，也就是說他成功計算過了，我以前沒用過這個服務(wù)器，我把在別的服務(wù)器上計算成功的fdf文件拿到這個服務(wù)器上也不能成功，說明不是我的fdf文件的問題。
另外，我的免密碼登陸用的是rsh。

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7樓2012-06-08 11:05:09

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★
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝提示 2012-06-08 18:38:29

引用回帖:

7樓: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-06-08 11:05:09
我們這里有個學(xué)生用siesta，也就是說他成功計算過了，我以前沒用過這個服務(wù)器，我把在別的服務(wù)器上計算成功的fdf文件拿到這個服務(wù)器上也不能成功，說明不是我的fdf文件的問題。
另外，我的免密碼登陸用的是rsh。...

那你咨詢一下那個學(xué)生在這個服務(wù)器上運行的命令什么，還有你們的環(huán)境變量一樣嗎？

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8樓2012-06-08 11:33:18

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8樓: Originally posted by zhangguangping at 2012-06-08 11:33:18
那你咨詢一下那個學(xué)生在這個服務(wù)器上運行的命令什么，還有你們的環(huán)境變量一樣嗎？...

我就是按照他說的辦法運行命令的。不好意思請教一下環(huán)境變量是什么？我們都在同一個服務(wù)器上用同一個軟件計算，除了fdf文件不一樣，還有什么能不一樣嗎？

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9樓2012-06-08 11:50:49

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liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2012-06-08 16:45:26

引用回帖:

9樓: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-06-08 11:50:49
我就是按照他說的辦法運行命令的。不好意思請教一下環(huán)境變量是什么？我們都在同一個服務(wù)器上用同一個軟件計算，除了fdf文件不一樣，還有什么能不一樣嗎？...

環(huán)境變量就是在你家目錄下面的一個隱藏文件一般是~/.bashrc文件中設(shè)置的一些計算環(huán)境。

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10樓2012-06-08 14:23:00

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