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滄海扶搖金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
利用MS的Discover 對(duì)低聚物進(jìn)行優(yōu)化的疑惑
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大家好： 本人擬計(jì)算某低聚物與某表面的相互作用能，由于自己是一個(gè)MS的初學(xué)者，目前遇到以下疑惑，想向大家請(qǐng)教。具體疑惑如下： （1）利用MS的Materials Visualizer構(gòu)建低聚物分子ABABABAB時(shí)（repeat-units中沒(méi)有該聚合物的單體），將A編輯到AB，有AB到ABA，再到ABAB...,這中間每一步是否都需要利用Discover | Minimizer優(yōu)化 （2）由于該低聚物的單體在MS的Materials Visualizer建立的低聚物分子，為了進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，經(jīng)過(guò)多方了解想到這樣幾種方法 ①利用Discover | Minimizer進(jìn)行優(yōu)化 ②運(yùn)行Discover | Dynamics進(jìn)行優(yōu)化 ③有人建議利用“淬火處理”，先對(duì)該聚合物在高溫下運(yùn)行Discover | Dynamics，然后再進(jìn)行低溫Discover | Dynamics，不知這種方案是否可行？ 是否還有其他方法？ ④相關(guān)資料顯示利用Amorphous Cell | Construction 功能 （3）如何評(píng)判對(duì)低聚物分子的優(yōu)化取得了較好效果，即評(píng)價(jià)指標(biāo)是什么？ （4）為了簡(jiǎn)化模型，只計(jì)算一個(gè)低聚物分子與某表面的相互作用，對(duì)該低聚物分子是否合適用Amorphous Cell | Construction構(gòu)建有機(jī)分子層？ 直接將該低聚物分子放入表面上的真空層是否合適？ （5）如果已經(jīng)對(duì)構(gòu)建的低聚物分子優(yōu)化完畢，直接將得到的*.xtd文件復(fù)制到某表面上，此時(shí)低聚物的,xtd文件是指的優(yōu)化過(guò)程中最后一時(shí)間節(jié)點(diǎn)的構(gòu)型？ （6）我進(jìn)行了1ns的Discover | Dynamics，但得到的軌跡文檔，只是一張靜態(tài)照片，如何得到t=50ps; t=100ps; t=150ps是的相互作用構(gòu)型？ 敬請(qǐng)各位專家和高手指點(diǎn)迷津！謝謝！ |
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滄海扶搖
金蟲(chóng) (小有名氣)
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2樓2012-07-16 23:04:41
sunyang1988
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3樓2012-07-17 00:13:16
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4樓2013-03-06 11:10:10
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