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滄海扶搖金蟲 (小有名氣)
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[求助]
利用MS的Discover 對低聚物進(jìn)行優(yōu)化的疑惑
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大家好： 本人擬計算某低聚物與某表面的相互作用能，由于自己是一個MS的初學(xué)者，目前遇到以下疑惑，想向大家請教。具體疑惑如下： （1）利用MS的Materials Visualizer構(gòu)建低聚物分子ABABABAB時（repeat-units中沒有該聚合物的單體），將A編輯到AB，有AB到ABA，再到ABAB...,這中間每一步是否都需要利用Discover | Minimizer優(yōu)化 （2）由于該低聚物的單體在MS的Materials Visualizer建立的低聚物分子，為了進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，經(jīng)過多方了解想到這樣幾種方法 ①利用Discover | Minimizer進(jìn)行優(yōu)化 ②運(yùn)行Discover | Dynamics進(jìn)行優(yōu)化 ③有人建議利用“淬火處理”，先對該聚合物在高溫下運(yùn)行Discover | Dynamics，然后再進(jìn)行低溫Discover | Dynamics，不知這種方案是否可行？ 是否還有其他方法？ ④相關(guān)資料顯示利用Amorphous Cell | Construction 功能 （3）如何評判對低聚物分子的優(yōu)化取得了較好效果，即評價指標(biāo)是什么？ （4）為了簡化模型，只計算一個低聚物分子與某表面的相互作用，對該低聚物分子是否合適用Amorphous Cell | Construction構(gòu)建有機(jī)分子層？ 直接將該低聚物分子放入表面上的真空層是否合適？ （5）如果已經(jīng)對構(gòu)建的低聚物分子優(yōu)化完畢，直接將得到的*.xtd文件復(fù)制到某表面上，此時低聚物的,xtd文件是指的優(yōu)化過程中最后一時間節(jié)點的構(gòu)型？ （6）我進(jìn)行了1ns的Discover | Dynamics，但得到的軌跡文檔，只是一張靜態(tài)照片，如何得到t=50ps; t=100ps; t=150ps是的相互作用構(gòu)型？ 敬請各位專家和高手指點迷津！謝謝！ |
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3樓2012-07-17 00:13:16
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