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elbo金蟲 (小有名氣)
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TRFLP數(shù)據(jù)問題分析請(qǐng)教 已有1人參與
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| 本人得到TRFLP的數(shù)據(jù)（excel格式），再mica網(wǎng)站上進(jìn)行比對(duì)分析，但是輸入的時(shí)候不知道具體格式是什么，網(wǎng)站上說明貌似需要片段大小和abudance兩種數(shù)據(jù)，對(duì)于后面這個(gè)數(shù)據(jù)，不知道是用高度還是面積那個(gè)數(shù)據(jù)？ 另外，比對(duì)出來結(jié)果后，里面的nan是何意？還往做過TRFLP的老師，同學(xué)不吝賜教。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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Although developed for population genetic analysis, the general procedure implemented by AMOVA and pairwise FST is flexible enough to estimate the statistical significance of groups of bacterial communities (Mengoni et al., 2009; Pini et al., 2012). Only triplicate-reproducible peaks (present in the three replicates or absent in the three replicates) were considered for taxonomic interpretation using MiCA3 web tool (http://mica.ibest.uidaho.edu/ ) (Shyu et al., 2007). The taxonomic classification was retrieved from NCBI using the taxonomy status tool (http://www.ncbi.nlm. nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi). The Krona hierarchical data browser (http://sourceforge.net/p/krona/home/ krona/) was used to compare bacterial structure among uncultivated soil, bulk soil and rhizosphere communities by a zoomable exploration of pie charts. |
8樓2016-03-23 13:56:22
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