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[求助]
求助namd的配置文件的修改，主要是如何添加約束
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| 我對蛋白進行動力學優(yōu)化，先限制蛋白分子進行了200ps模擬，現(xiàn)在我取消限制，再進行動力學平衡，請問配制文件怎么寫，哪些地方需要修改？ |
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2樓2012-06-12 16:06:00
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-06-12 19:33:41
zhongshun: 金幣+20, ★★★很有幫助 2012-06-12 23:48:21
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zhongshun: 金幣+20, ★★★很有幫助 2012-06-12 23:48:21
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首先你知道你都做了哪些限制嗎？ 我自己對我做的模擬體系做了harmonic restraint限制，如下： # external forces constraints on consKCol B consRef ${sys}_restrain.pdb consKFile ${sys}_restrain.pdb 后面的模擬我要取消限制，直接把這幾行刪掉就行了 |
3樓2012-06-12 16:21:25
4樓2012-06-14 09:38:22
whl2dxl
木蟲 (小有名氣)
- 應助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 2115.6
- 紅花: 3
- 帖子: 151
- 在線: 115小時
- 蟲號: 1267846
- 注冊: 2011-04-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
5樓2012-07-11 18:54:37
6樓2012-07-11 19:31:11
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