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bizi294金蟲 (正式寫手)
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[交流]
Multiwfn和Gaussian計(jì)算體積的差別在哪里？ 已有1人參與
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| 之前都是用Gaussian的volume計(jì)算分子的體積，一般取100次計(jì)算值的平均值，因此消耗的時(shí)間比較長(zhǎng)。昨天發(fā)現(xiàn)用Multiwfn的100號(hào)功能的第3項(xiàng)也能計(jì)算體積，這個(gè)就快多了，計(jì)算100次幾乎可以在幾分鐘內(nèi)完成。用兩種方法算出的體積也很接近，所以想問一下，這兩種方法的差別在哪里？為何高斯算起來如此耗時(shí)？ |
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sobereva
至尊木蟲 (著名寫手)
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原理見此貼的討論 http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... b51c3406088b44.html Multiwfn比Gaussian計(jì)算體積更快有幾個(gè)因素：1 可能你用的是范德華球疊加的定義而不是bader的定義 2 可能MC（蒙特卡羅）過程中計(jì)算的點(diǎn)數(shù)不一樣 3 Multiwfn自身代碼效率高。此程序在計(jì)算電子密度方面做過充分優(yōu)化，而且計(jì)算范德華體積模塊是并行化的。 另外，Multiwfn還有一種計(jì)算體積的方式，就是通過主功能12（定量分子表面分析）來計(jì)算，在輸出分子表面信息的同時(shí)也會(huì)一起把體積信息輸出出來，這就是bader定義的體積，但是用的不是MC方法計(jì)算，而是用改進(jìn)的marching tetrahedron算法。 |
2樓2012-06-16 15:08:14
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