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lorna639木蟲 (著名寫手)
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[交流]
AC模塊中的calculation和construction建立的無定形模型的區(qū)別 已有2人參與
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| 請大家討論一下AC模塊中的calculation和construction建立的無定形模型的區(qū)別,我發(fā)現(xiàn)使用calculation和construction都可以建立無定形模型,但是不知道區(qū)別在哪里?另外無定形模型的初始密度應該在哪里設定?因為模塊中有ramp density from...? |
木蟲 (正式寫手)
木蟲 (小有名氣)
| 本質(zhì)上二者不大,construction可指定建立的盒子中的分子數(shù),尤其是在建含溶劑分子的BOX時,可隨意指定溶劑分子數(shù),方便,缺點是盒子體積不好控制,若密度設定不太好(或不知道),最好先做個NPT下的動力學,得到正確體積后再做其他系統(tǒng)的動力學運行。calculation中的packing可實現(xiàn)分子在盒子內(nèi)的自動填充,由于盒子是提前建好的,所以大小可控。其他基本沒有什么不同。 |
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