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lorna639木蟲 (著名寫手)
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[交流]
AC模塊中的calculation和construction建立的無(wú)定形模型的區(qū)別 已有2人參與
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| 請(qǐng)大家討論一下AC模塊中的calculation和construction建立的無(wú)定形模型的區(qū)別，我發(fā)現(xiàn)使用calculation和construction都可以建立無(wú)定形模型，但是不知道區(qū)別在哪里？另外無(wú)定形模型的初始密度應(yīng)該在哪里設(shè)定啊？因?yàn)槟K中有ramp density from...? |
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木蟲 (正式寫手)
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2樓2012-06-20 15:00:55
tymnj
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御劍江湖: 金幣+1, 謝謝 2012-06-20 21:15:29
| 本質(zhì)上二者不大，construction可指定建立的盒子中的分子數(shù)，尤其是在建含溶劑分子的BOX時(shí)，可隨意指定溶劑分子數(shù)，方便，缺點(diǎn)是盒子體積不好控制，若密度設(shè)定不太好（或不知道），最好先做個(gè)NPT下的動(dòng)力學(xué)，得到正確體積后再做其他系統(tǒng)的動(dòng)力學(xué)運(yùn)行。calculation中的packing可實(shí)現(xiàn)分子在盒子內(nèi)的自動(dòng)填充，由于盒子是提前建好的，所以大小可控。其他基本沒(méi)有什么不同。 |
3樓2012-06-20 17:06:34
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