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glazio鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
用python求7個(gè)原子的回轉(zhuǎn)半徑
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寫代碼上我是門外漢，我自己算出來(lái)的結(jié)果懷疑不對(duì)，在這里請(qǐng)python達(dá)人指點(diǎn)一下，能給出你們的計(jì)算腳本讓我拜讀是最好了，呵呵。 1. 回轉(zhuǎn)半徑網(wǎng)頁(yè)請(qǐng)見(jiàn)這里 2. 代碼要求：因?yàn)檫@個(gè)腳本是在一個(gè)模擬軟件中使用的，該軟件使用基本的python環(huán)境而沒(méi)有scipy、numpy等模塊，所以在腳本里只能用python內(nèi)置的一些函數(shù)和命令 3. 七個(gè)原子的三維坐標(biāo)和我做的代碼如下 def f_Rg(list): n=len(list) sum_x=sum_y=sum_z=0 for list_sub1 in list: sum_x+=list_sub1[0] sum_y+=list_sub1[1] sum_z+=list_sub1[2] rc=[1.0*sum_x/n,1.0*sum_y/n,1.0*sum_z/n] #center of gravity, assuming all atoms have equal weight sum_Rg2=0 for list_sub2 in list: sum_Rg2+=(list_sub2[0]-rc[0])**2+(list_sub2[1]-rc[1])**2+(list_sub2[2]-rc[2])**2 result=[rc,(1.0*sum_Rg2/n)**0.5] return result mol = [ [9.6397, 10.8355, 5.5044], \ [7.6624, 11.6655, 5.5672], \ [9.1239, 10.4822, 4.5657], \ [8.1561, 10.4279, 4.4660], \ [7.3390, 10.9163, 4.8606], \ [7.4566, 12.0949, 4.5525], \ [7.9986, 12.6564, 5.3909]] Gy = f_Rg(mol) print format( 'Center=(%.2f, %.2f, %.2f), Rg=%.2f' %(Gy[0][0], Gy[0][1], Gy[0][2], Gy[1]) ) 4. 以上腳本的計(jì)算結(jié)果如下 Center=(8.20, 11.30, 4.99), Rg=1.22 下圖中綠色球就是7個(gè)原子，紅色箭頭起始點(diǎn)是重心rc，箭頭長(zhǎng)度就是Rg，怎么看怎么覺(jué)得計(jì)算結(jié)果是錯(cuò)的 7 atoms [ Last edited by glazio on 2012-6-21 at 13:00 ] |
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