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tfl03木蟲 (職業(yè)作家)
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[求助]
Lammps： 請(qǐng)幫忙建立一個(gè) 石墨 graphite 的輸入晶格模型，發(fā)短息亦可
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用下面的語(yǔ)句建立模型，老出問題，主要是開始原子個(gè)數(shù)都不對(duì)，謝謝！ units metal boundary p p p dimension 3 atom_style atomic #想建立石墨graphite的晶格，根據(jù)MS的數(shù)據(jù)，六方結(jié)構(gòu)，a=b=2.46和c=6.8 Angstroms，a和b程120°，其余90° lattice custom 2.46 a1 1 0 0 a2 -0.5 0.866 0 a3 0 0 2.74 & basis 0 0 0 basis 0.333 0.667 0 & basis 0 0 0.5 basis 0.667 0.333 0.5 #region box block 0 1 0 1 0 1 #create_box 1 box #create_atoms 1 box #說有6個(gè)原子，丟了4個(gè) region myr1 prism 0 1 0 1 0 1 0 0 0 create_box 1 myr1 create_atoms 1 region myr1 #同樣說有6個(gè)原子，丟了4個(gè) mass 1 12.0 velocity all create 5.0 87287 loop geom pair_style rebo pair_coeff * * CH.airebo C pair_modify shift yes neighbor 0.3 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes fix 1 all nve #fix 2 all enforce dump 1 all atom 100 dump.min thermo 100 run 1000 neigh_modify delay 0 every 1 check yes dump_modify 1 every 25 thermo 50 minimize 1.0e-26 0.00001 1000 10000 [ Last edited by tfl03 on 2012-6-24 at 14:59 ] |
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【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm: 金幣+4, 謝謝~ 2012-06-25 08:57:44
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chaizhm: 金幣+4, 謝謝~ 2012-06-25 08:57:44
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好久不用lammps了，懶得細(xì)看in文件， 我給你推薦個(gè)更簡(jiǎn)單的方法建立石墨烯模型 VMD，里面有插件直接可以生成你所需要的模型大小和性質(zhì)。 比如我建立的一個(gè)正方形，中間有個(gè)孔的石墨烯單層，要轉(zhuǎn)換成lammps數(shù)據(jù)，只需要載入模型： mol load psf g_hole.psf pdb g_hole.pdb 然后輸入命令： topo writelammpsdata ok.data 就得到了lammps的data文件 |
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- 附件 2 : g_hole.pdb
- 附件 3 : ok.data
2012-06-24 15:12:18, 580.92 K
2012-06-24 15:12:19, 264.61 K
2012-06-24 15:12:29, 489.86 K
2樓2012-06-24 15:11:56
3樓2012-06-24 15:19:02
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4樓2012-06-24 15:20:40
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今天又實(shí)驗(yàn)了好幾次，還是不對(duì)。lammps的graphite輸入文件錯(cuò)在哪里嗎？ units metal boundary p p p dimension 3 atom_style atomic #lattice custom 2.46 a1 1 0 0 a2 -0.5 0.866 0 a3 0 0 2.74 & #basis 0 0 0 basis 0.333 0.667 0 & #basis 0 0 0.5 basis 0.667 0.333 0.5 #region box block 0 1 0 1 0 1 #create_box 1 box #create_atoms 1 box #lattice custom 1.42 a1 1.5 -0.866 0 a2 1.5 0.866 0 a3 0 0 5.46 & # basis 0 0 0 basis 0.5 0.866 0 basis 0 0 2.73 #lattice custom 1.42 a1 1.732 0 0 a2 0.866 1.5 0 a3 0.866 0.5 2.73 & # basis 0 0 0 basis 0 1 0 #lattice custom 1.42 a1 1.5 -0.866 0 a2 1.5 0.866 0 a3 0 0 4.7887 & # basis 0 0 0 basis 0.5 0.866 0 basis 0 0 0.5 lattice custom 2.46 a1 0.5 -0.866 0 a2 0.5 0.866 0 a3 0 0 2.73 & basis 0 0 0 basis 0.5 0.433 0 & basis 0 0 0.5 basis 0.5 -0.433 0.5 region myr1 prism 0 1 0 1 0 1 0 0 0 create_box 1 myr1 create_atoms 1 region myr1 |
7樓2012-06-25 07:40:05
| 好 |
8樓2012-06-25 08:09:48
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9樓2012-06-25 08:41:18
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