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xiaorongwei

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[求助] AtomEye下面的voronoirize的使用

AtomEye下面可以用voronoi方法建立多晶，http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A/utils.html#voronoirize
作者給的例子中，用了下面的命令：
% voronoirize FCC10x10x10.cfg bcc 2 2 2 FCC10x10x10-voronoirized.cfg
現(xiàn)在我有FCC10x10x10.cfg 文件，問題是我不知道這句話“% voronoirize FCC10x10x10.cfg bcc 2 2 2 FCC10x10x10-voronoirized.cfg”怎么用，
哪位大俠知道啊，跪求�。。�

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1樓 2012-06-24 15:04:20

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rush7

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我不太懂，不過MDBBS上豈不是有更好的資源？atomeye不是可視化么，LiJu的意思是在那里面建模。。？另外LZ要是有voronoirize高版本的可否分享一下~~~？

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2樓2012-06-25 16:47:14

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xiaorongwei

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引用回帖:

2樓: Originally posted by rush7 at 2012-06-25 16:47:14
我不太懂，不過MDBBS上豈不是有更好的資源？atomeye不是可視化么，LiJu的意思是在那里面建模。。？另外LZ要是有voronoirize高版本的可否分享一下~~~？

是可視化的軟件，不過在atomeye網(wǎng)頁上，voronoirize是屬于 “Utilities”下面的，所以我認為是能voronoirize建模的。你說的我有“voronoirize高版本” 我沒有哦，難道你有關(guān)于voronoirize的版本？能不能法我參考一下？

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3樓2012-06-25 16:57:11

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現(xiàn)在黨員沒有黨原證。除非組織證明，否則還真不好辦。
從來不知道當有什么秘密，也不知道有什么幾率

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4樓2012-06-25 17:52:05

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引用回帖:

3樓: Originally posted by xiaorongwei at 2012-06-25 16:57:11
是可視化的軟件，不過在atomeye網(wǎng)頁上，voronoirize是屬于 “Utilities”下面的，所以我認為是能voronoirize建模的。你說的我有“voronoirize高版本” 我沒有哦，難道你有關(guān)于voronoirize的版本？能不能法我參考一 ...

沒呀只記得MDBBS上有人說過不止一個版本……

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5樓2012-06-25 22:23:14

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chen_kg

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-08-07 19:36:58
xiaorongwei: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-09-18 15:48:14

voronoirize 輸入結(jié)構(gòu)文件晶體結(jié)構(gòu) x方向晶粒數(shù)目 y方向晶粒數(shù)目 z方向晶粒數(shù)目輸出結(jié)構(gòu)文件
對應(yīng)的FCC10x10x10.cfg是輸入文件，bcc是結(jié)構(gòu) 2 2 2表示將初始結(jié)構(gòu)隨機切成2*2*2個晶粒， FCC10x10x10-voronoirized.cfg是輸出結(jié)構(gòu)文件，下面的代碼可以將這個cfg直接轉(zhuǎn)成lammps的data文件
#! /bin/gawk -f
BEGIN {
OFMT = "%.16f";
CONVFMT ="%.16f";
count = 0;
H11 = 0.;
H22 = 0.;
H33 = 0.;
entry_count = 0;
N = 0.;
}
function abs(y){
y =(y >= 0) ? y : 0 - y;
return(y);
}

{}{
if ($1 == "Number" && $2 == "of" && $3 == "particles" && NR == 1){
N = $5;
printf ("Input file\n\n"

;
printf ("%d atoms\n", $5);
printf ("1 atom types\n\n"

;
}
if ( $1 == "H0(1,1)"

{H11 = $3; printf ("0.0000 %.16f xlo xhi\n", H11);}
if ( $1 == "H0(2,2)"

{H22 = $3; printf ("0.0000 %.16f ylo yhi\n", H22);}
if ( $1 == "H0(3,3)"

{
      H33 = $3;
      printf ("0.0000 %.16f zlo zhi\n\n", H33);
      printf ("Masses\n\n"

;
printf ("1 63.546000\n\n\n"

;
printf ("Atoms\n\n"

;
}
if ( $0 == ".NO_VELOCITY."

type = "extended";
if ( type == "extended" && $1 == "entry_count"

entry_count = $3;
if ( type == "extended" && NF == entry_count && entry_count > 0 && NR > 27) {
printf("%d 1 %.16f %.16f %.16f %.12f %.12f\n",count+1,$1*H11,$2*H22,$3*H33, 1./sqrt($4),$5);count++;
}

if ( $0 == "R = 1.0 [ns^-1]"

type = "standard";
if ( type == "standard"

entry_count = 8;
if ( type == "standard" && NF == entry_count && entry_count > 0 && NR > 57 && NR < (59+N) ){
      printf("%d 1 %.16f %.16f %.16f %.8f %.8f\n",count+1,$3*H11,$4*H22,$5*H33, 1./sqrt(47.084529), 1.0);count++;
}

}
  END{}

另外，有誰知道這個小程序有沒有哪個版本可以使得不同尺度的初始樣品voroinize后的晶粒具相同的形狀么？即可以保存和讀入seed位置

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6樓2012-08-06 20:38:08

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

6樓: Originally posted by chen_kg at 2012-08-06 20:38:08
voronoirize 輸入結(jié)構(gòu)文件晶體結(jié)構(gòu) x方向晶粒數(shù)目 y方向晶粒數(shù)目 z方向晶粒數(shù)目輸出結(jié)構(gòu)文件
對應(yīng)的FCC10x10x10.cfg是輸入文件，bcc是結(jié)構(gòu) 2 2 2表示將初始結(jié)構(gòu)隨機切成2*2*2個晶粒， FCC10x10x10-voronoirized. ...

請問有沒有把cfg文件或者lammps文件輸入到MS格式的代碼？你這個代碼是哪兒下載的啊？

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7樓2013-08-27 18:34:17

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引用回帖:

請問這個代碼怎么用啊

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8樓2015-11-03 12:15:35

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引用回帖:

8樓: Originally posted by 啾啾哈嘍 at 2015-11-03 12:15:35
請問這個代碼怎么用啊...

找到這個代碼怎么用的了嗎

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9樓2016-01-30 07:56:53

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引用回帖:

我覺得您說的不對，您看它運行完的說明，他是給他分成了16個晶粒我試過1 1 1 這樣是分成了兩個晶粒

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10樓2018-01-15 09:38:39

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