 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1367 | 回復(fù): 6 | |||
[求助]
請(qǐng)問(wèn)大家下面哪一種模擬順序合適呢？
|
|
請(qǐng)問(wèn)大家下面哪一種模擬順序合適呢？ 現(xiàn)在我要 模擬一個(gè)大分子（帶正電100），想看其和膜的作用： 順序1： 將大分子和膜放置在盒子里，加水，隨機(jī)加離子中和體系; 能量最小化; 對(duì)大分子和磷脂膜位置約束，開(kāi)始模擬，使體系平衡; 放開(kāi)約束，進(jìn)行模擬; 結(jié)果沒(méi)什么現(xiàn)象。 順序2： 將大分子和膜放置在盒子里，加水，隨機(jī)加離子中和體系; 能量最小化; 直接進(jìn)行模擬; 結(jié)果大分子由于帶電直接鉆到膜里面了。長(zhǎng)時(shí)間模擬，分子沒(méi)有出來(lái)。 哪一個(gè)合適呢？第一個(gè)順序結(jié)果說(shuō)明大分子和膜沒(méi)有相互作用，第二個(gè)說(shuō)明分子能鉆到膜里面。這兩者哪個(gè)合適呢？謝謝大家！ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 NAMD |
» 猜你喜歡
070300化學(xué)319求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
08工科 320總分 求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
307求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
265求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
303求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料工程（專）一志愿985 初試335求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
299求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
083200學(xué)碩321分一志愿暨南大學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- ansys焊接模擬過(guò)程中出現(xiàn)的錯(cuò)誤
已經(jīng)有7人回復(fù)
- MS的模擬運(yùn)算過(guò)程
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 求助：模擬過(guò)程（或者：step_2）中，添加 Tie 約束，如何添加？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 如何構(gòu)建supercell使得supercell中的原子按順序標(biāo)號(hào)
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】這是我安裝gromacs過(guò)程，但是出錯(cuò)阿，這個(gè)怎么辦呢？謝謝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【討論】請(qǐng)問(wèn)大家考六級(jí)答題順序是什么啊~~
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【討論】Aspenplus環(huán)己烷生產(chǎn)過(guò)程模擬-涉及循環(huán)物流
已經(jīng)有24人回復(fù)
xulinan
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 24 (小學(xué)生)
- 金幣: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在線: 96.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1123245
- 注冊(cè): 2010-10-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生理與生物化學(xué)
2樓2012-06-13 10:14:28
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-06-13 16:39:52
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-06-13 16:39:52
| 我見(jiàn)過(guò)的文獻(xiàn)里模擬蛋白與膜的作用時(shí)是會(huì)手動(dòng)把蛋白質(zhì)插到膜中，然后施加力來(lái)分析蛋白質(zhì)與膜的相互作用的。理論講，第一種方法比較合理，但是有可能水分子在蛋白質(zhì)周圍形成強(qiáng)的水化層阻止了蛋白質(zhì)與膜的接觸，從而蛋白質(zhì)被水分子沖走了，這種隨機(jī)性比較大，最好多模擬幾次，或者調(diào)解蛋白與膜的初始距離。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
sxsfdx3樓2012-06-13 16:13:31
★ ★
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-06-14 13:10:40
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-06-14 13:10:40
| 我見(jiàn)過(guò)的文獻(xiàn)里模擬蛋白與膜的作用時(shí)是會(huì)手動(dòng)把蛋白質(zhì)插到膜中，然后施加力來(lái)分析蛋白質(zhì)與膜的相互作用的。理論講，第一種方法比較合理，但是有可能水分子在蛋白質(zhì)周圍形成強(qiáng)的水化層阻止了蛋白質(zhì)與膜的接觸，從而蛋白質(zhì)被水分子沖走了，這種隨機(jī)性比較大，最好多模擬幾次，或者調(diào)解蛋白與膜的初始距離。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
4樓2012-06-14 12:42:03
5樓2012-06-14 21:53:59
6樓2012-06-14 21:56:08
7樓2012-06-14 21:56:55
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 sxsfdx 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | wyyyqx 2026-03-17 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +6 | 煙火先于春 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
[考研]
 271材料工程求調(diào)劑
+8
|
.6lL 2026-03-18 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 曼殊2266 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +5 | 材化逐夢(mèng)人 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | lucky呀呀呀鴨 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +16 | 于海海海海 2026-03-19 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +7 | ^O^乜 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +5 | 梁茜雯 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +22 | rare12345 2026-03-18 | 22/1100 |
|
|
|
[考研] 295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩 +5 | Charlieyq 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 08工學(xué)調(diào)劑 +5 | 用戶573181 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +8 | sllhht 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研]
320求調(diào)劑0856
+3
|
不想起名字112 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 【同濟(jì)軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3 | 2026eternal 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項(xiàng)核心論文五項(xiàng)專利，省、國(guó)級(jí)證書(shū)40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 考研求調(diào)劑 +3 | 橘頌. 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +5 | 素年祭語(yǔ) 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求老師收留調(diào)劑 +4 | jiang姜66 2026-03-14 | 5/250 |
|