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[求助]
請問大家下面哪一種模擬順序合適呢？
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請問大家下面哪一種模擬順序合適呢？ 現(xiàn)在我要 模擬一個大分子（帶正電100），想看其和膜的作用： 順序1： 將大分子和膜放置在盒子里，加水，隨機加離子中和體系; 能量最小化; 對大分子和磷脂膜位置約束，開始模擬，使體系平衡; 放開約束，進行模擬; 結(jié)果沒什么現(xiàn)象。 順序2： 將大分子和膜放置在盒子里，加水，隨機加離子中和體系; 能量最小化; 直接進行模擬; 結(jié)果大分子由于帶電直接鉆到膜里面了。長時間模擬，分子沒有出來。 哪一個合適呢？第一個順序結(jié)果說明大分子和膜沒有相互作用，第二個說明分子能鉆到膜里面。這兩者哪個合適呢？謝謝大家！ |
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xulinan
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2樓2012-06-13 10:14:28
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵交流 2012-06-13 16:39:52
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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| 我見過的文獻里模擬蛋白與膜的作用時是會手動把蛋白質(zhì)插到膜中，然后施加力來分析蛋白質(zhì)與膜的相互作用的。理論講，第一種方法比較合理，但是有可能水分子在蛋白質(zhì)周圍形成強的水化層阻止了蛋白質(zhì)與膜的接觸，從而蛋白質(zhì)被水分子沖走了，這種隨機性比較大，最好多模擬幾次，或者調(diào)解蛋白與膜的初始距離。 |
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sxsfdx3樓2012-06-13 16:13:31
4樓2012-06-14 12:42:03
5樓2012-06-14 21:53:59
6樓2012-06-14 21:56:08
7樓2012-06-14 21:56:55
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