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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 第一性原理 » MS » 關于高分子鏈的建模
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flymice金蟲 (著名寫手)
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[求助]
關于高分子鏈的建模
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求問，我想建立關于pvdf分子的模型。我已經(jīng)知道pvdf的晶體結構，在建完晶體結構之后，由于計算能力有限，只能從中取出一段包含8各原子的鏈。這個時候如果使用兩端自動加氫的功能，原來原子的位置也會發(fā)生改變；不使用那個功能的話，又不知道應該怎么樣把氫原子加上去，求問高手，這個時候應當怎么辦？謝謝了。 附圖如下： 說明，白色的是H原子，黑色的是C原子，其余是F原子。 這是從晶體結構里面得來的結構，很明顯，同一側的F原子不在一條直線上，同一側H原子也不在一條直線上。 加氫后，除了最前端的H原子，后面的同一側H原子都在一條直線上 使用clean功能后，同一側H原子及F原子都在一條直線上，與原來結構差別頗大。 求問此時該當如何是好？ |
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如果想手動添加原子的話，可以直接add atoms，然后填入想要添加原子的坐標（也就是圖中的氫原子）； 另外一種辦法是直接用畫筆添加，然后調整鍵長鍵角到所需要的位置 需要說明的是：這樣建立的結構都是錯略的初始構型，計算中需要優(yōu)化，性質的計算都需要采用優(yōu)化后的構型 |
2樓2012-07-02 20:12:08
看誰還有
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3樓2019-04-05 20:26:09
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4樓2020-03-29 20:51:20
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