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flymice金蟲 (著名寫手)
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[求助]
關(guān)于高分子鏈的建模
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求問，我想建立關(guān)于pvdf分子的模型。我已經(jīng)知道pvdf的晶體結(jié)構(gòu)，在建完晶體結(jié)構(gòu)之后，由于計(jì)算能力有限，只能從中取出一段包含8各原子的鏈。這個(gè)時(shí)候如果使用兩端自動加氫的功能，原來原子的位置也會發(fā)生改變；不使用那個(gè)功能的話，又不知道應(yīng)該怎么樣把氫原子加上去，求問高手，這個(gè)時(shí)候應(yīng)當(dāng)怎么辦？謝謝了。 附圖如下： 說明，白色的是H原子，黑色的是C原子，其余是F原子。 這是從晶體結(jié)構(gòu)里面得來的結(jié)構(gòu)，很明顯，同一側(cè)的F原子不在一條直線上，同一側(cè)H原子也不在一條直線上。 加氫后，除了最前端的H原子，后面的同一側(cè)H原子都在一條直線上 使用clean功能后，同一側(cè)H原子及F原子都在一條直線上，與原來結(jié)構(gòu)差別頗大。 求問此時(shí)該當(dāng)如何是好？ |
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4樓2020-03-29 20:51:20
uuv2010
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如果想手動添加原子的話，可以直接add atoms，然后填入想要添加原子的坐標(biāo)（也就是圖中的氫原子）； 另外一種辦法是直接用畫筆添加，然后調(diào)整鍵長鍵角到所需要的位置 需要說明的是：這樣建立的結(jié)構(gòu)都是錯(cuò)略的初始構(gòu)型，計(jì)算中需要優(yōu)化，性質(zhì)的計(jì)算都需要采用優(yōu)化后的構(gòu)型 |
2樓2012-07-02 20:12:08
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3樓2019-04-05 20:26:09
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