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hustzju

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[求助] 有坐標(biāo)怎么看結(jié)構(gòu)啊？

只有優(yōu)化后的坐標(biāo)，supporting information里只給了坐標(biāo)，
怎么能看到結(jié)構(gòu)？

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1樓 2012-07-06 16:06:52

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★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+2 2012-07-06 17:25:02

用可視化軟件，例如gaussview

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2樓2012-07-06 16:12:45

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Siriusgoul

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zhou2009: 金幣+3 2012-07-06 17:25:34

樓上正解……
看他給的坐標(biāo)文件是什么格式，如果是.mol .pdb .gjf .com 什么的GaussView都輕松搞定，還有類似于簡單的.xyz格式的話chemcraft,DSviewPro也可應(yīng)對，后面?zhèn)z軟件也挺好用的，可用于很多格式。

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3樓2012-07-06 17:06:45

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hustzju

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2樓: Originally posted by gmy1990 at 2012-07-06 16:12:45
用可視化軟件，例如gaussview

這個(gè)我知道啊，算完后用這個(gè)看嗎問題的。
但現(xiàn)在是只有坐標(biāo)數(shù)據(jù)，沒有其他的，該怎么導(dǎo)入？

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4樓2012-07-06 18:53:16

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3樓: Originally posted by Siriusgoul at 2012-07-06 17:06:45
樓上正解……
看他給的坐標(biāo)文件是什么格式，如果是.mol .pdb .gjf .com 什么的GaussView都輕松搞定，還有類似于簡單的.xyz格式的話chemcraft,DSviewPro也可應(yīng)對，后面?zhèn)z軟件也挺好用的，可用于很多格式。

只有坐標(biāo)如下，該怎么看？
1       6          0       2.208625 -0.236974 -0.051544
2       6          0       1.925269 1.198495 -0.179844
3       6          0       0.690545 1.690312 -0.019408
4       6          0    -0.473454 0.808470 0.358213
5       6          0    -0.230135 -0.654483 0.140890
6       7          0       1.032546 -1.073025 0.105002
7       6          0    -1.850190 1.277727 -0.001033
8       6          0    -2.857332 0.395125 -0.191187
9       6          0    -2.591106 -1.016389 -0.139272
10       6          0    -1.328666 -1.536889 0.029420
11       8          0       3.285627 -0.773684 -0.094914
12       1          0       1.240278 -2.070505 0.058720
13       1          0       2.778553 1.825840 -0.412898
14       1          0       0.496631 2.756521 -0.098514
15       1          0    -0.517874 0.863587 1.475408
16       1          0    -2.022851 2.350254 -0.006126
17       1          0    -3.868253 0.735765 -0.387465
18       1          0    -3.421667 -1.704366 -0.273236
19       1          0    -1.158990 -2.608816 -0.008996

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5樓2012-07-06 18:56:46

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引用回帖:

4樓: Originally posted by hustzju at 2012-07-06 18:53:16
這個(gè)我知道啊，算完后用這個(gè)看嗎問題的。
但現(xiàn)在是只有坐標(biāo)數(shù)據(jù)，沒有其他的，該怎么導(dǎo)入？...

如果你非要用GaussView的話就稍微加點(diǎn)格式信息參照其他的.mol2或是.gjf文件把它寫成這些格式的，坐標(biāo)部分把你要用的來替換了就成。不過我說了，只有坐標(biāo)數(shù)據(jù)，而且是笛卡爾.xyz數(shù)據(jù)形式的話，可以用其他軟件例如chemcraft等打開哦……希望有幫助，呵呵……

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6樓2012-07-06 19:01:22

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引用回帖:

5樓: Originally posted by hustzju at 2012-07-06 18:56:46
只有坐標(biāo)如下，該怎么看？
1       6          0       2.208625 -0.236974 -0.051544
2       6          0       1.925269 1.198495 -0.179844
3       6          0       0. ...

嗯，最前面那行就是原子編號，一般要把它換成具體元素符號，改成xyz的最簡單，其他還麻煩，比如：
29
Energy = -1126.741833063
C -5.1211966 -0.1227266 -1.0901835
C -3.8261712 -0.4316819 -0.6922856
C -3.4188691 -0.1889590 0.6238658
C -4.3366821 0.3598495 1.5255061
C -5.6371449 0.6468566 1.1265669
C -6.0345835 0.4117603 -0.1857055
S -1.8082166 -0.6191296 1.2171735
C -0.6378919 0.0511079 -0.1019492
O -1.0752776 0.6057652 -1.0902309
C    0.7081936 -0.2109113 0.2823566
C    1.7668326 0.1807583 -0.5094973
C    3.1512450 0.0134278 -0.3016604
C    4.0749579 0.4924392 -1.2762685
C    5.4264693 0.3584002 -1.1408882
C    6.0218800 -0.2862816 0.0152296
C    5.0636145 -0.7663414 1.0010913
C    3.7174538 -0.6214219 0.8439907
O    7.2558905 -0.4207836 0.1588071
H    0.8634739 -0.7272205 1.2211417
H    1.4891470 0.6906485 -1.4292315
H    3.6699133 0.9813263 -2.1586946
H    6.1054478 0.7324780 -1.8992331
H    5.4735770 -1.2516138 1.8802768
H    3.0531440 -0.9992840 1.6144087
H -5.4198379 -0.3074401 -2.1157092
H -3.1241554 -0.8484892 -1.3988304
H -4.0210031 0.5650948 2.5409998
H -6.3357672 1.0673152 1.8409780
H -7.0444431 0.6450568 -0.5020243
能量就不用管，就只要元素和坐標(biāo)，最上面的數(shù)字是原子數(shù)

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7樓2012-07-06 19:08:11

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hustzju

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7樓: Originally posted by Siriusgoul at 2012-07-06 19:08:11
嗯，最前面那行就是原子編號，一般要把它換成具體元素符號，改成xyz的最簡單，其他還麻煩，比如：
29
Energy = -1126.741833063
C -5.1211966 -0.1227266 -1.0901835
C -3.8261712 -0.4316819 ...

只要換成元素符號就可以嗎？
C                   2.208625 -0.236974 -0.051544
C                   1.925269 1.198495 -0.179844
C                0.690545 1.690312 -0.019408
C                -0.473454 0.808470 0.358213
C                -0.230135 -0.654483 0.140890
N                1.032546 -1.073025 0.105002
C                -1.850190 1.277727 -0.001033
C                -2.857332 0.395125 -0.191187
C                -2.591106 -1.016389 -0.139272
C                -1.328666 -1.536889 0.029420
O                3.285627 -0.773684 -0.094914
H                1.240278 -2.070505 0.058720
H                2.778553 1.825840 -0.412898
H                0.496631 2.756521 -0.098514
H                -0.517874 0.863587 1.475408
H             -2.022851 2.350254 -0.006126
H                -3.868253 0.735765 -0.387465
H             -3.421667 -1.704366 -0.273236
H                -1.158990 -2.608816 -0.008996

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8樓2012-07-06 19:52:04

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引用回帖:

8樓: Originally posted by hustzju at 2012-07-06 19:52:04
只要換成元素符號就可以嗎？
C                   2.208625 -0.236974 -0.051544
C                   1.925269 1.198495 -0.179844
C                0.690545 1.690312 -0.019408
C    ...

你可以試試，還有，坐標(biāo)數(shù)據(jù)一定要對齊，不能像你在這給出的歪歪扭扭的。注意格式……

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9樓2012-07-06 20:59:50

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有坐標(biāo)還不簡單？隨便把坐標(biāo)copy出來修改成gaussview能認(rèn)的格式即可

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10樓2012-07-06 21:13:22

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