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nedved33金蟲 (小有名氣)
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[求助]
這種形式的坐標(biāo)該怎么得到？
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想對過渡態(tài)做scan，好像要求的坐標(biāo)不是笛卡爾坐標(biāo)，在論壇里的帖子里看到這種形式的坐標(biāo)，我想問下，類似下面這種坐標(biāo)該怎么轉(zhuǎn)換得到？可以自動生成嗎？ %chk=C6H12O2.chk # b3lyp/6-311+g(d,p) scf=maxcycle=1000 scan C6H6O2 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 0 C 4 B4 3 A3 2 D2 0 C 5 B5 4 A4 3 D3 0 O 1 B6 2 A5 3 D4 0 O 6 B7 5 A6 4 D5 0 H 1 B8 7 A7 2 D6 0 H 2 B9 1 A8 7 D7 0 H 3 B10 2 A9 1 D8 0 H 4 B11 3 A10 2 D9 0 H 5 B12 4 A11 3 D10 0 H 6 B13 5 A12 4 D11 0 B1 1.47001481 B2 1.35213504 B3 1.44805746 B4 1.34807607 B5 1.46873534 B6 1.21337327 B7 1.21177979 B8 1.10663924 B9 1.08542210 B10 1.08739136 B11 1.08640585 B12 1.08633080 B13 1.11068087 A1 125.94532223 A2 127.11728249 A3 123.17323344 A4 121.42916035 A5 122.70659721 A6 124.00116584 A7 119.98704577 A8 114.47240470 A9 117.57370885 A10 118.75448281 A11 121.87705051 A12 115.15090368 D1 0.01346178 D2 179.92161275 S 180 1.0 D3 -179.98264803 D4 -179.99936667 D5 179.98132399 D6 -179.99685447 D7 0.01790071 D8 -179.97661468 D9 -0.06752315 D10 0.01014314 D11 -0.01875418 另外想問一下，經(jīng)常在一些帖子里看到震蕩，有能量震蕩，力震蕩，位移震蕩，請問這個是怎么回事，在輸出文件里可以看到嗎？具體該怎么看啊，是不是IRC掃描出來的這種圖 |
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你是要得到那個震蕩的圖嗎 ？？ 自己沒做出過那個圖是吧�。� 那個是優(yōu)化就可以看見的， 比如你優(yōu)化一個結(jié)構(gòu)，得到輸出文件1.log 打開高斯view---file---open----找到1.log----注意，把下面方框里的鉤打上----ok----這不就打開了嗎能看到結(jié)構(gòu)了吧----再點result----optimization---- 好了 曲線出來了 夠詳細(xì)嗎 這個總能量曲線說的就是 優(yōu)化過程中 每一步的能量 如果震蕩了 會造成優(yōu)化不出來 就得適當(dāng)調(diào)節(jié)了 |
4樓2012-07-09 20:14:27
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C C 1 1.45231259 C 2 1.45177930 1 107.83199097 C 1 1.44952058 2 108.00481196 3 0.15749167 0 C 4 1.44914021 1 108.11579206 2 -0.03248183 0 C 4 3.14565269 1 87.72104764 2 89.73313775 0 C 6 1.44695371 4 89.61687775 1 -2.28995970 0 C 7 1.45164473 6 108.17532301 4 -87.85908816 0 C 6 1.44898258 4 87.84355427 1 -110.38036368 0 C 8 1.45382778 7 107.90399278 6 0.12519680 0 Fe 10 1.93005963 8 68.14146672 7 58.87656122 0 H 1 1.09338270 4 125.84107418 5 177.69719471 0 H 2 1.09276885 1 125.84371417 4 175.67152182 0 H 5 1.09388148 4 125.48632910 1 -175.83151876 0 H 7 1.09403207 6 125.80921570 4 93.79817582 0 H 8 1.09310117 7 125.83280674 6 -175.84614409 0 H 9 1.09236644 6 125.40835865 4 -93.28015433 0 H 10 1.09239462 8 125.76170978 7 -175.46035241 0 H 6 1.09429780 4 92.27175791 1 123.59630656 0 H 4 1.09391268 1 125.92745526 2 -178.93694302 0 H 3 S 2 125.90936355 1 175.74056549 0 S=1.09026300 按您說的已經(jīng)做到這一步了，然后是不是要手動把這些數(shù)字都弄成變量 比如把最后H和3號碳原子的鍵長設(shè)為S，令S=1.09026300即可 最右邊那一串0是什么意思？我看其他人的輸入文件里好像沒這串0 |
10樓2012-07-11 15:37:58
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