版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進(jìn)行手機(jī)號驗證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

返回列表

天地逍遙

鐵蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 16.5
帖子: 22
在線: 63小時
蟲號: 1884336
注冊: 2012-07-09

[求助] lammps生成結(jié)構(gòu)以及siesta參數(shù)設(shè)置問題

大家好，我想做一個銅電極，
（1）我用lammps直接生成的16個原子坐標(biāo)，我用matlab做出的圖看起來到?jīng)]啥問題，只是不知道能否直接輸入到siseta里面，向大家請教。
units metal
boundary       p p p
atom_style atomic

lattice       fcc 3.615 orient x -1 1 0 orient y -1 -1 2 orient z 1 1 1

region box block 0 1 0 1 0 1
create_box 1 box
create_atoms 1 box

pair_style eam/alloy
pair_coeff * * Cu_mishin1.eam.alloy Cu
write_restart lower_sort.data
##############################################
##############################################
（2）然后用siesta來直接優(yōu)化，不知道哪里的設(shè)置問題，我的優(yōu)化過程花了很長時間，而且優(yōu)化后的原子坐標(biāo)改變很大，這里是不是結(jié)構(gòu)出問題了呀，按照guangping兄弟的建議我得Kpoints再反復(fù)嘗試中，除了Kpoints我哪里的參數(shù)設(shè)置還需要改一下呀。求助求助呀。。

SystemName  bulk
SystemLabel bulk

==================================================
==================================================
# SPECIES AND BASIS

# Number of species
NumberOfSpecies 1
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  29 Cu
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType split
PAO.BasisSize SZP
PAO.EnergyShift 50 meV

==================================================
==================================================
# K-points

%block kgrid_Monkhorst_Pack
6 0 0 0.0
0 6 0 0.0
0 0 1 0.5
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

==================================================
==================================================
# UNIT CELL
LatticeConstant    1 Ang
%block LatticeVectors
5.11238 0             0
0       5.90327       0
0          0          6.26136
%endblock LatticeVectors
# Atomic coordinates
NumberOfAtoms 16
AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  2.5562  0.0000  0.0000    1
  1.2781  2.2137  0.0000    1
  3.8343  2.2137  0.0000    1
  0.0000  0.0000  0.0000    1
  1.2781  0.7379  2.0871    1
  3.8343  0.7379  2.0871    1
  0.0000  4.4275  0.0000    1
  2.5562  4.4275  0.0000    1
  2.5562  2.9516  2.0871    1
  1.2781  5.1654  2.0871    1
  3.8343  5.1654  2.0871    1
  0.0000  2.9516  2.0871    1
  0.0000  1.4758  4.1742    1
  1.2781  3.6895  4.1742    1
  3.8343  3.6895  4.1742    1
  2.5562  1.4758  4.1742    1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

==================================================
==================================================
# General variables

ElectronicTemperature  300 K
OccupationFunction MP
MeshCutoff          350. Ry
xc.functional       LDA          # Exchange-correlation functional
xc.authors          CA
SpinPolarized .false.

==================================================
==================================================
SolutionMethod Diagon

==================================================
==================================================
# SCF variables

DM.MixSCF1 T
MaxSCFIterations    300          # Maximum number of SCF iter
DM.MixingWeight    0.01       # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance       1.d-4       # Tolerance in maximum difference
DM.UseSaveDM       true       # to use continuation files
DM.NumberPulay       3
DM.NumberKick       50
DM.KickMixingWeight 0.05
Diag.DivideAndConquer    no

==================================================
==================================================
# MD variables

MD.FinalTimeStep 1
MD.TypeOfRun CG
MD.NumCGsteps      100
MD.UseSaveXV       .true.
MD.VariableCell .true.

=================================================
=================================================

==================================================
==================================================
# Output variables

WriteMullikenPop             1
WriteBands                   .false.
#SaveRho                      .true.
#SaveDeltaRho                   .true.
SaveHS                         .false.
#SaveElectrostaticPotential    .true.
#SaveTotalPotential             .true.
#SaveIonicCharge .true.
#SaveTotalCharge .true.
WriteCoorXmol                .true.
WriteMDXmol                   .true.  #animation created
WriteMDhistory                .false.
#WriteEigenvalues             yes

==================================================
==================================================

[ Last edited by 天地逍遙 on 2012-7-10 at 07:52 ]

回復(fù)此樓

» 收錄本帖的淘帖專輯推薦

資源收集

» 猜你喜歡

一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
接收2026碩士調(diào)劑(學(xué)碩+專碩) 已經(jīng)有6人回復(fù)
081700 調(diào)劑 267分已經(jīng)有5人回復(fù)
328求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
0854 考研調(diào)劑招生了！AI 方向已經(jīng)有14人回復(fù)
招08考數(shù)學(xué) 已經(jīng)有14人回復(fù)
一志愿上海交大生物與醫(yī)藥專碩324分，求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
0854電子信息求調(diào)劑 324 已經(jīng)有3人回復(fù)
303求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
336求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)

1樓 2012-07-09 23:41:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

智能機(jī)器人

Robot (super robot)

我們都愛小木蟲

找到一些相關(guān)的精華帖子，希望有用哦~

關(guān)于用Lammps模擬Cu熔點的例子問題已經(jīng)有7人回復(fù)
lammps的時間步長問題已經(jīng)有16人回復(fù)
可視化軟件怎么選擇已經(jīng)有2人回復(fù)
【分享】LAMMPS的語法中文解釋已經(jīng)有137人回復(fù)
【討論】lammps中利用velocity命令無法控制住速度問題已經(jīng)有11人回復(fù)
【求助】lammps如何測量模擬以后材料的晶格參數(shù)？已經(jīng)有7人回復(fù)
【討論】lammps中關(guān)于fix ave/spatial命令的輸出問題已經(jīng)有4人回復(fù)
【求助】lammps中多元化合物的晶格創(chuàng)建問題已經(jīng)有14人回復(fù)
【求助】MS建模導(dǎo)入lammps問題求救已經(jīng)有14人回復(fù)
【求助】Lammps 多機(jī)并行的問題已經(jīng)有11人回復(fù)

點擊這里搜索更多相關(guān)資源

科研從小木蟲開始，人人為我，我為人人

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主天地逍遙的主題更新