cj4566

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[求助] pwscf并行計(jì)算時(shí)總是隔一段時(shí)間重新開(kāi)始

我讓學(xué)校網(wǎng)管幫我裝了并行的pwscf，我對(duì)怎么編譯并行不懂，用來(lái)計(jì)算小的體系的時(shí)候運(yùn)行正常，但是算大體系的時(shí)候總是運(yùn)行十幾分鐘之后重新提交任務(wù)，也不報(bào)錯(cuò)，不停重復(fù)。大家知道這會(huì)是什么原因嗎？謝謝了�。�！下面是我提交的任務(wù)腳本：
#!/bin/bash -l
#PBS -N MPI
#PBS -l walltime=20:00:00
#PBS -l select=3:ncpus=16:mem=120gb
module load quantum/5.0.MPT
cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec -n 48 pw.x < ZnO-k01.in > ZnO-k01.out

輸出文件的開(kāi)頭：
   Program PWSCF v.5.0       starts on 10Jul2012 at 16:24:40

   This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
   for quantum simulation of materials; please cite
      "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
      URL http://www.quantum-espresso.org",
   in publications or presentations arising from this work. More details at
   http://www.quantum-espresso.org/quote.php

   Parallel version (MPI & OpenMP), running on 768 processor cores
   Number of MPI processes:             48
   Threads/MPI process:                16
   R & G space division:  proc/pool = 48

   Current dimensions of program PWSCF are:
   Max number of different atomic species (ntypx) = 10
   Max number of k-points (npk) =  40000
   Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) =  3
   Waiting for input...
   Reading input from standard input
   Message from routine iosys:
   pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic'
   Message from routine iosys:
   wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic'

   Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
   scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group:  4*  4 procs)

   Parallelization info
   --------------------
   sticks: dense  smooth    PW    G-vecs: dense smooth    PW
   Min       869    348    87             364063 92078 11515
   Max       870    349    88             364082 92147 11528
   Sum    41737 16729 4177          17475363  4421473  552847

總是運(yùn)行一會(huì)就重新提交任務(wù)，輸出文件結(jié)尾也看不到錯(cuò)誤。

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1樓 2012-07-10 15:45:41

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goldenfisher

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cj4566: 金幣+10 2012-07-11 07:11:33

#PBS -l select=3:ncpus=16:mem=120gb????

這里cpu只選擇了16個(gè)？不太懂，不過(guò)我估計(jì)是你的并行管理軟件的問(wèn)題

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2樓2012-07-10 20:58:52

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cj4566

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引用回帖:

2樓: Originally posted by goldenfisher at 2012-07-10 20:58:52
#PBS -l select=3:ncpus=16:mem=120gb????

這里cpu只選擇了16個(gè)？不太懂，不過(guò)我估計(jì)是你的并行管理軟件的問(wèn)題

不知道啊，管理員說(shuō)是用3個(gè)node，每個(gè)node是16個(gè)cpu，120gb mem。不過(guò)我昨天修改了下輸出文件，運(yùn)行時(shí)間長(zhǎng)了點(diǎn)，好像還是會(huì)重新提交。修改后原來(lái)輸出文件里下面的錯(cuò)誤沒(méi)有了 pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic'
Message from routine iosys:
wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic'
不過(guò)還是有下面這行：
Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group: 4* 4 procs)
您知道這是什么意思嗎？我覺(jué)得這是出錯(cuò)信息。謝謝！

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3樓2012-07-11 07:10:55

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風(fēng)間的記憶

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cj4566: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2012-07-11 14:12:37

應(yīng)該與調(diào)度系統(tǒng)無(wú)關(guān)
而是并行編譯的問(wèn)題
你確定你們那網(wǎng)管很熟PWSCF的并行編譯？

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九州浩淼，任其東西，明日何在，但隨我意。

4樓2012-07-11 13:40:35

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cj4566

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引用回帖:

4樓: Originally posted by 風(fēng)間的記憶 at 2012-07-11 13:40:35
應(yīng)該與調(diào)度系統(tǒng)無(wú)關(guān)
而是并行編譯的問(wèn)題
你確定你們那網(wǎng)管很熟PWSCF的并行編譯？

恩，應(yīng)該是編譯問(wèn)題，我讓管理員重新編譯了一次，現(xiàn)在好了，謝謝啊！

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5樓2012-07-11 14:12:13

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humeng0811

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5樓: Originally posted by cj4566 at 2012-07-11 14:12:13
恩，應(yīng)該是編譯問(wèn)題，我讓管理員重新編譯了一次，現(xiàn)在好了，謝謝�。�...

我用單節(jié)點(diǎn)并行的時(shí)候用的是
PARA_PREFIX='mpiexec -machinefile host.mpd -np 4'

多節(jié)點(diǎn)并行需要什么額外的設(shè)置嗎

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靜靜的百合盛開(kāi)在靜靜的山谷中莫問(wèn)花為誰(shuí)開(kāi)香為誰(shuí)濃它只兀自綻放它的美麗快樂(lè)著它的快樂(lè)悲傷著它的悲傷或許孤單但并不寂寞或許惆悵卻并不迷茫~~

6樓2014-08-03 17:13:42

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