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pwscf并行計(jì)算時(shí)總是隔一段時(shí)間重新開(kāi)始
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我讓學(xué)校網(wǎng)管幫我裝了并行的pwscf，我對(duì)怎么編譯并行不懂，用來(lái)計(jì)算小的體系的時(shí)候運(yùn)行正常，但是算大體系的時(shí)候總是運(yùn)行十幾分鐘之后重新提交任務(wù)，也不報(bào)錯(cuò)，不停重復(fù)。大家知道這會(huì)是什么原因嗎？謝謝了�。�！下面是我提交的任務(wù)腳本： #!/bin/bash -l #PBS -N MPI #PBS -l walltime=20:00:00 #PBS -l select=3:ncpus=16:mem=120gb module load quantum/5.0.MPT cd $PBS_O_WORKDIR mpiexec -n 48 pw.x < ZnO-k01.in > ZnO-k01.out 輸出文件的開(kāi)頭： Program PWSCF v.5.0 starts on 10Jul2012 at 16:24:40 This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite for quantum simulation of materials; please cite "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009); URL http://www.quantum-espresso.org", in publications or presentations arising from this work. More details at http://www.quantum-espresso.org/quote.php Parallel version (MPI & OpenMP), running on 768 processor cores Number of MPI processes: 48 Threads/MPI process: 16 R & G space division: proc/pool = 48 Current dimensions of program PWSCF are: Max number of different atomic species (ntypx) = 10 Max number of k-points (npk) = 40000 Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) = 3 Waiting for input... Reading input from standard input Message from routine iosys: pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' Message from routine iosys: wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem: scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group: 4* 4 procs) Parallelization info -------------------- sticks: dense smooth PW G-vecs: dense smooth PW Min 869 348 87 364063 92078 11515 Max 870 349 88 364082 92147 11528 Sum 41737 16729 4177 17475363 4421473 552847 總是運(yùn)行一會(huì)就重新提交任務(wù)，輸出文件結(jié)尾也看不到錯(cuò)誤。 |
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不知道啊，管理員說(shuō)是用3個(gè)node，每個(gè)node是16個(gè)cpu，120gb mem。不過(guò)我昨天修改了下輸出文件，運(yùn)行時(shí)間長(zhǎng)了點(diǎn)，好像還是會(huì)重新提交。修改后原來(lái)輸出文件里下面的錯(cuò)誤沒(méi)有了 pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' Message from routine iosys: wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' 不過(guò)還是有下面這行： Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem: scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group: 4* 4 procs) 您知道這是什么意思嗎？我覺(jué)得這是出錯(cuò)信息。謝謝！ |
3樓2012-07-11 07:10:55
goldenfisher
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2樓2012-07-10 20:58:52
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4樓2012-07-11 13:40:35
5樓2012-07-11 14:12:13
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