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迷路的游俠木蟲(chóng) (正式寫手)
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[求助]
納米線建模的一點(diǎn)兒?jiǎn)栴}
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| 菜鳥(niǎo)想請(qǐng)教各位大神，納米線建模時(shí)截面的形狀如何確定？方形或圓柱的都可以？是不是有些體系刪完多余原子后就不需要加H就鈍化了（無(wú)懸掛鍵）？還有一個(gè)問(wèn)題是導(dǎo)出到VASP時(shí)POSCAR里的a、b、c要如何寫？問(wèn)題有點(diǎn)多，希望各位大神能耐心講解，多謝！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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迷路的游俠: 金幣+2 2012-07-17 10:55:26
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1. 截面形狀是方是圓，取決于你研究的體系，一般來(lái)說(shuō)，圓形比較合適，因?yàn)閷?duì)稱性高，各個(gè)方向的受力容易平衡。 2. 如果是周期性體系，不需要加氫鈍化。因?yàn)樗麄冊(cè)诩{米線的長(zhǎng)度方向上是沒(méi)有懸掛鍵的。 3. POSCAR的格式請(qǐng)參考VASP手冊(cè)，如果使用的晶胞的三個(gè)晶軸互相垂直（90度），那么POSCAR里面對(duì)應(yīng)晶胞的那幾行可以寫為： 1.0 a 0 0 0 b 0 0 0 c |
2樓2012-07-16 11:33:01
迷路的游俠
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3樓2012-07-17 10:38:41
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一般是不會(huì)有影響的，如果你C軸較小，建議你做一個(gè)測(cè)試：比如某分子在納米線上的吸附能大小。 首先做一個(gè)C軸較短的模型，計(jì)算吸附能，記為E1 然后C軸加倍，再次計(jì)算吸附能，記為E2 比較E1和E2的差別，如果不大，就可以選取簡(jiǎn)單的模型計(jì)算（即，較短的C軸）。如果差別大，那么就意味著C軸太小導(dǎo)致了吸附分子與其鏡像之間距離太小，發(fā)生了一定的相互作用，導(dǎo)致計(jì)算的吸附能不準(zhǔn)確了。那么就要用較大的C軸作為計(jì)算模型了。 當(dāng)然，你可以繼續(xù)加長(zhǎng)C軸進(jìn)行測(cè)試，一般C軸長(zhǎng)度10A左右就足夠避免上述鏡像之間的相互作用了。 |
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迷路的游俠4樓2012-07-17 10:49:19
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5樓2012-07-17 10:54:50
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