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[交流] 簡單且完美的把MS導(dǎo)出的文件轉(zhuǎn)成POSCAR 已有19人參與

所需的軟件：MS和VMD（一款很好的查看分子結(jié)構(gòu)的軟件）
方法：在MS中把建立的模型Export成***.car文件，然后用VMD打開，點擊file-save coordinator，在type中選擇POSCAR，保存即可，軟件直接會輸出POSCAR格式文件。

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1樓 2012-07-18 21:43:25

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chenweiguang

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fzx2008: 金幣+3, 謝謝分享 2012-08-28 10:17:47

好吧，我貼出個自己寫的小程序吧：
==============
#!/bin/sh

# pick up the Lattice Vector
sed -n '/BLOCK LATTICE_CART/,/ENDBLOCK LATTICE_CART/ p' $1 | grep -v LATTICE_CART > lat_temp
# pick up the Position ordination of Atoms in Fractral style
sed -n '/BLOCK POSITIONS_FRAC/,/ENDBLOCK POSITIONS_FRAC/ p' $1 | grep -v POSITIONS_FRAC > pos_temp
# obtain the number of Species
sed -n '/BLOCK SPECIES_LCAO_STATES/,/ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES/ p' $1 |grep -v SPECIES_LCAO_STATES > species_temp
species=`wc -l species_temp`

#sed -n '1~2p' species_temp > temp
awk '{print $1}' species_temp > temp
mv -f temp species_temp

>| POSCAR
for i in `cat species_temp`
do
   echo -n $i' '  >> POSCAR
# split the every elements
   grep "\<$i\>" pos_temp > pos_$i
# modify the pos_element
   sed -e 's/$/\ \ \ T\ \ \ T\ \ \ T/' pos_$i > temp
   colrm 1 4 < temp > temp1
   mv -f temp1 temp
# sort the ordination as the C-
   sort -r -n -k 3 temp > temp1
   mv -f temp1 temp
   mv temp  pos_$i
done
echo >> POSCAR
# delete the pos files
rm -f pos_temp

# add the default lattice factor 1.000
echo '  '1.000 >> POSCAR
# add the Lattice Vector
cat lat_temp >> POSCAR

# add the number of every species
echo -n '  ' >> POSCAR
for i in `cat species_temp`
do
   atoms=`wc -l pos_$i|awk '{print $1}'`
   echo -n $atoms' '  >> POSCAR
done
echo >> POSCAR
#delete the speies file
rm -f species_temp
# delete the temp files
rm -f lat_temp

echo 'Selective Dynamics' >> POSCAR
echo 'Direct' >> POSCAR
=====================

把=====之間的保持為cell2POSCAR，運行的時候./cell2POSCAR cellfile就可以了，最后生成每個元素的文件，然后可以使用cat自己按照自己想要組合的順序組合即可。

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10樓2012-08-27 09:45:07

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uuv2010: 金幣+3, 鼓勵發(fā)表有技術(shù)含量的回帖 2012-07-19 09:53:39

那我也說個辦法，從MS中導(dǎo)出CIF文件，用VESTA把CIF文件轉(zhuǎn)換成.vasp格式，就是POSCAR了

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3樓2012-07-19 08:08:23

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sunyang1988: 金幣+1, 謝謝交流 2012-07-19 23:14:20

我也介紹一個方法，從MS中保存為.CAR文件，然后用molden打開，保存為VASP的輸出格式，即為POSCAR文件

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4樓2012-07-19 09:52:28

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可是固定某些原子不還是手動去設(shè)置嗎？

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Don'tsquandertime,that'sthestufflifeismadeof.

5樓2012-07-19 09:58:06

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sunyang1988: 金幣+2, 謝謝交流 2012-07-19 23:15:29

引用回帖:

5樓: Originally posted by to_Landau at 2012-07-19 09:58:06
可是固定某些原子不還是手動去設(shè)置嗎？

做成POSCA后，可以用P4VASP轉(zhuǎn)成selective dynamics, 對著VESTA里面的原子的標(biāo)號在P4VASP里面固定原子很方便
比方說：在VESTA 里面選中某個你想固定的原子，下面會顯示它的標(biāo)號

然后，在P4VASP里面，把對應(yīng)的原子后面的選項的對勾去掉，就固定住了

PS：你這朗道的頭像很帥嘛

[ Last edited by huangll99 on 2012-7-19 at 10:21 ]

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to_Landau

6樓2012-07-19 10:12:49

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引用回帖:

6樓: Originally posted by huangll99 at 2012-07-19 10:12:49
做成POSCA后，可以用P4VASP轉(zhuǎn)成selective dynamics, 對著VESTA里面的原子的標(biāo)號在P4VASP里面固定原子很方便
比方說：在VESTA 里面選中某個你想固定的原子，下面會顯示它的標(biāo)號
http://cloud.mail.163.com/f ...

學(xué)習(xí)了，真的很不錯。
PS：謝謝

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7樓2012-07-19 11:24:42

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8樓2012-07-19 22:07:13

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★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖

請問導(dǎo)出來的結(jié)構(gòu)晶格常數(shù)都是1，不便于進(jìn)行晶格參數(shù)的優(yōu)化。有什么好的方法嗎？

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9樓2012-08-22 22:15:52

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