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gyldmy

銅蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 有機(jī)合成

[交流] 簡(jiǎn)單且完美的把MS導(dǎo)出的文件轉(zhuǎn)成POSCAR 已有19人參與

所需的軟件：MS和VMD（一款很好的查看分子結(jié)構(gòu)的軟件）
方法：在MS中把建立的模型Export成***.car文件，然后用VMD打開，點(diǎn)擊file-save coordinator，在type中選擇POSCAR，保存即可，軟件直接會(huì)輸出POSCAR格式文件。

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模擬	good resources	計(jì)算和軟件

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1樓 2012-07-18 21:43:25

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chenweiguang

金蟲 (小有名氣)

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fzx2008: 金幣+3, 謝謝分享 2012-08-28 10:17:47

好吧，我貼出個(gè)自己寫的小程序吧：
==============
#!/bin/sh

# pick up the Lattice Vector
sed -n '/BLOCK LATTICE_CART/,/ENDBLOCK LATTICE_CART/ p' $1 | grep -v LATTICE_CART > lat_temp
# pick up the Position ordination of Atoms in Fractral style
sed -n '/BLOCK POSITIONS_FRAC/,/ENDBLOCK POSITIONS_FRAC/ p' $1 | grep -v POSITIONS_FRAC > pos_temp
# obtain the number of Species
sed -n '/BLOCK SPECIES_LCAO_STATES/,/ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES/ p' $1 |grep -v SPECIES_LCAO_STATES > species_temp
species=`wc -l species_temp`

#sed -n '1~2p' species_temp > temp
awk '{print $1}' species_temp > temp
mv -f temp species_temp

>| POSCAR
for i in `cat species_temp`
do
   echo -n $i' '  >> POSCAR
# split the every elements
   grep "\<$i\>" pos_temp > pos_$i
# modify the pos_element
   sed -e 's/$/\ \ \ T\ \ \ T\ \ \ T/' pos_$i > temp
   colrm 1 4 < temp > temp1
   mv -f temp1 temp
# sort the ordination as the C-
   sort -r -n -k 3 temp > temp1
   mv -f temp1 temp
   mv temp  pos_$i
done
echo >> POSCAR
# delete the pos files
rm -f pos_temp

# add the default lattice factor 1.000
echo '  '1.000 >> POSCAR
# add the Lattice Vector
cat lat_temp >> POSCAR

# add the number of every species
echo -n '  ' >> POSCAR
for i in `cat species_temp`
do
   atoms=`wc -l pos_$i|awk '{print $1}'`
   echo -n $atoms' '  >> POSCAR
done
echo >> POSCAR
#delete the speies file
rm -f species_temp
# delete the temp files
rm -f lat_temp

echo 'Selective Dynamics' >> POSCAR
echo 'Direct' >> POSCAR
=====================

把=====之間的保持為cell2POSCAR，運(yùn)行的時(shí)候./cell2POSCAR cellfile就可以了，最后生成每個(gè)元素的文件，然后可以使用cat自己按照自己想要組合的順序組合即可。

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回復(fù)此樓

10樓2012-08-27 09:45:07

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