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77638333金蟲 (著名寫手)
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[求助]
這樣的BLAST結(jié)果如何取舍？
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有時(shí)出現(xiàn)2個(gè)基因名稱，分別點(diǎn)擊，均有序列，而且不同。那么是按照基因名稱與進(jìn)行比對(duì)的基因名稱是否一致，還是按照配對(duì)的堿基位置進(jìn)行取舍，或是皆附上？ BLAST的目的是為下一步設(shè)計(jì)通用引物做準(zhǔn)備。 |
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2樓2012-07-22 16:49:32
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3樓2012-07-22 16:50:50
tiani_tan
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4樓2012-07-23 12:16:35
77638333
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5樓2012-07-23 15:07:25
6樓2012-07-23 20:00:41
tiani_tan
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7樓2012-07-23 20:29:03
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-07-24 14:17:27
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這兩個(gè)基因會(huì)不會(huì)是一個(gè)是某物種染色體上的片段，另一個(gè)是該物種的某個(gè)基因，實(shí)際上是同一個(gè)基因。 可以把這兩個(gè)基因用ClustalX比較一下，相似性很高的話其實(shí)就都一樣了。我之前遇到過(guò)出現(xiàn)3個(gè)相同的，最后ClustalX比較發(fā)現(xiàn)中間完全匹配，只有兩段有多出來(lái)的片段。 |
8樓2012-07-24 10:37:15
任天青
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【答案】應(yīng)助回帖
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小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-07-24 14:17:38
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小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-07-24 14:17:38
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有發(fā)現(xiàn)一個(gè)問(wèn)題，不知道對(duì)樓主是否有用： 樓主的query序列不知道是什么，可能是一段基因序列（mRNA吧），而你比對(duì)的subject序列式genome序列（看標(biāo)題和subject序列位置），應(yīng)該是整個(gè)基因組把。 查了一下Geobacter sulfurreducens是一種革蘭氏陰性菌，轉(zhuǎn)錄后mRNA幾乎沒(méi)有加工的，所以才會(huì)和基因組DNA比對(duì)上。 所以這或許就是一個(gè)基因，只是mRNA和它的DNA模板比對(duì)上了而已 |
9樓2012-07-24 10:39:12
sd3824289
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10樓2012-07-24 10:42:28
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