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amber 能量?jī)?yōu)化出錯(cuò)
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| 我用AMBER 運(yùn)行能量?jī)?yōu)化，設(shè)置的是maxcyc=1000,ncyc=500出錯(cuò)了，到了500步就出現(xiàn)了RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，同時(shí)我又試了只算共軛梯度法，xmin法等，不管maxcyc,ncyc設(shè)大設(shè)小，都不能算到最后一步，這是怎么回事呢，我可不可以忽略這個(gè)問(wèn)題，直接進(jìn)行下一步模擬呢？ |
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lujunyan1118
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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-08-21 19:21:31
903566945: 金幣+10 2012-08-27 08:55:41
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-08-21 19:21:31
903566945: 金幣+10 2012-08-27 08:55:41
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最好不要忽略，這種錯(cuò)誤可能預(yù)示著你結(jié)構(gòu)存在問(wèn)題 共軛梯隊(duì)對(duì)結(jié)構(gòu)要求更高，如果結(jié)構(gòu)不合理，從最陡下降一到共軛梯度就會(huì)出左。 注意amber輸出里面的各個(gè)能量項(xiàng)，看看有沒(méi)有異常的值 比如特別高的，或者有×××××的 |
2樓2012-08-20 12:33:09
3樓2012-08-27 09:00:09
lujunyan1118
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4樓2012-08-31 22:23:38
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5樓2012-12-10 16:20:55
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903566945: 金幣+90, 5 2013-01-10 18:06:26
903566945: 金幣+90, 5 2013-01-10 18:06:26
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Some of the output files(the 'mdout' in the manual) contain the message like: .... RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE ... the input is like: &cntrl imin=1, maxcyc=10000, ncyc=100, idiel=0, cut=30.0, scee=1.2, &end But if I change the input into: &cntrl imin=1, maxcyc=10000, ncyc=1000, idiel=0, cut=30.0, scee=1.2, &end there will be no "LINMIN FAILURE" message. The difference between two input file is only ncyc(from 100 to 1000). Both trials gave normal "FINAL RESULTS" Does it matter, if the mdout contains it? If so, how to correct it? 你給的步數(shù)太少了 根本到不了收斂條件 自然就停下來(lái)了 不知道你的體系多大 建議你放大10倍步長(zhǎng) |
6樓2012-12-10 16:37:11
百步穿楊999
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7樓2013-06-24 19:51:54
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8樓2013-10-11 14:40:40
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9樓2013-11-20 17:21:29
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