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[求助]
amber 能量?jī)?yōu)化出錯(cuò)
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| 我用AMBER 運(yùn)行能量?jī)?yōu)化，設(shè)置的是maxcyc=1000,ncyc=500出錯(cuò)了，到了500步就出現(xiàn)了RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，同時(shí)我又試了只算共軛梯度法，xmin法等，不管maxcyc,ncyc設(shè)大設(shè)小，都不能算到最后一步，這是怎么回事呢，我可不可以忽略這個(gè)問(wèn)題，直接進(jìn)行下一步模擬呢？ |
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9樓2013-11-20 17:21:29
lujunyan1118
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
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- 專(zhuān)業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-08-21 19:21:31
903566945: 金幣+10 2012-08-27 08:55:41
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-08-21 19:21:31
903566945: 金幣+10 2012-08-27 08:55:41
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最好不要忽略，這種錯(cuò)誤可能預(yù)示著你結(jié)構(gòu)存在問(wèn)題 共軛梯隊(duì)對(duì)結(jié)構(gòu)要求更高，如果結(jié)構(gòu)不合理，從最陡下降一到共軛梯度就會(huì)出左。 注意amber輸出里面的各個(gè)能量項(xiàng)，看看有沒(méi)有異常的值 比如特別高的，或者有×××××的 |
2樓2012-08-20 12:33:09
3樓2012-08-27 09:00:09
lujunyan1118
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4樓2012-08-31 22:23:38
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