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今夜無(wú)風(fēng)銅蟲(chóng) (小有名氣)
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真核基因的轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)如何獲得的？
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我對(duì)生物學(xué)不是很了解，對(duì)基因的轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)有幾點(diǎn)疑問(wèn)，希望大蝦給與指點(diǎn)，謝謝！ 編碼基因的轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)距離加A端還有可能有幾個(gè)甚至上千個(gè)bp，轉(zhuǎn)錄后加A以后的序列就被分解掉了，這樣的話如何獲得基因的轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)，在UCSC上下載的人類基因的注釋中含有txEnd，注明基因的轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)，這個(gè)txEnd就是真正的基因的轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)么？ 查相關(guān)文獻(xiàn)書(shū)基因的轉(zhuǎn)錄終止有兩類，依賴 ρ和不依賴ρ兩類，如何知道一個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄終止是哪一類的，有沒(méi)有專門(mén)的數(shù)據(jù)庫(kù)？ |
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Davidzjy
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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amisking: 回帖置頂 2012-07-24 20:56:37
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（系統(tǒng)提示我的敘述中包含min gan信息。。。。。 我只好一段一段貼出來(lái) 慢慢篩查哪里碰了紅線。。。 請(qǐng)見(jiàn)諒） 確定終止位點(diǎn)還是很容易的 首先不管哪一種終止方式 其序列都有一定的特點(diǎn)（下文詳述） 另外 現(xiàn)在對(duì)于轉(zhuǎn)錄的研究主要是對(duì)于原核生物（真核生物的mRNA在離開(kāi)核前就已經(jīng)被剪切修飾過(guò)了 無(wú)法得知它的變化過(guò)程）因此 對(duì)mRNA分子進(jìn)行分析就可以得到序列了 不同的基因（即使是同一個(gè)生物 甚至同一個(gè)細(xì)胞中）對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄終止方式可能不同 具體的需要進(jìn)行單獨(dú)查對(duì) 你所說(shuō)的txEnd就是基因中對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄終止區(qū)域 |
2樓2012-07-24 16:43:17
Davidzjy
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今夜無(wú)風(fēng): 金幣+2, ★有幫助, 謝謝樓主說(shuō)了很多關(guān)于轉(zhuǎn)錄終止的內(nèi)容，機(jī)制有點(diǎn)清楚，關(guān)注有些問(wèn)題還是沒(méi)有講明白 2012-09-26 09:08:19
小丹木木: 金幣+3, MolEPI+1, 三貼合一，一起給予EPI,歡迎常來(lái) 2012-09-26 14:24:48
今夜無(wú)風(fēng): 金幣+2, ★有幫助, 謝謝樓主說(shuō)了很多關(guān)于轉(zhuǎn)錄終止的內(nèi)容，機(jī)制有點(diǎn)清楚，關(guān)注有些問(wèn)題還是沒(méi)有講明白 2012-09-26 09:08:19
小丹木木: 金幣+3, MolEPI+1, 三貼合一，一起給予EPI,歡迎常來(lái) 2012-09-26 14:24:48
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下面詳細(xì)說(shuō)一下兩種轉(zhuǎn)錄終止方式： 1 依賴 ρ轉(zhuǎn)錄（Rho-dependent transcription）如這個(gè)附件里的圖片所示 http://kuai.xunlei.com/d/GCVTVLNUXZBZ?p=130497 在轉(zhuǎn)錄過(guò)程中 Rho的6聚體會(huì)與合成出來(lái)的RNA鏈結(jié)合 通過(guò)消耗ATP向下游運(yùn)動(dòng) （圖中的rut是rho utilization site就是Rho與RNA的結(jié)合位置 ） RNA聚合酶在合成RNA的過(guò)程中會(huì)停在這個(gè)rut對(duì)應(yīng)DNA位置下游100bp左右的Rho-sensitive pause site（見(jiàn)圖第二部分） 當(dāng)Rho運(yùn)動(dòng)到RNA聚合酶附近的位置時(shí) 會(huì)消耗ATP而把DNA-RNA雙鏈分開(kāi)（圖中Rho unwind RNA  NA hybrid）這樣 合成好的mRNA就被釋放 而DNA雙鏈也被恢復(fù) 轉(zhuǎn)錄過(guò)程結(jié)束 這種基因的特點(diǎn)就是——含有rut（70個(gè)左右，多C少G）和Rho-sensitive pause site |
3樓2012-07-24 16:45:49
Davidzjy
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amisking: 回帖置頂 2012-07-24 20:56:39
小丹木木: 金幣+3, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2012-09-26 14:23:30
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小丹木木: 金幣+3, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2012-09-26 14:23:30
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2 非依賴 ρ轉(zhuǎn)錄（Rho-independent transcription）這個(gè)比較簡(jiǎn)單 就不貼圖了 RNA靠近終止區(qū)的片段會(huì)形成一種"莖-環(huán)結(jié)構(gòu)"（stem-loop，google一下就有圖片） 可以破壞RNA聚合酶的構(gòu)像（結(jié)構(gòu)）從而達(dá)到阻止RNA繼續(xù)合成的目的 與此同時(shí) RNA聚合酶附近的DNA片段富含腺嘌呤（poly-A） 而對(duì)應(yīng)合成出來(lái)RNA的片段富含尿嘧啶（poly-U） A-U配對(duì)是所有堿基對(duì)中結(jié)構(gòu)最不穩(wěn)定的 這樣 轉(zhuǎn)錄泡（RNA聚合酶包裹的部分）中的兩股DNA容易恢復(fù)雙鏈 釋放出產(chǎn)物RNA 結(jié)束轉(zhuǎn)錄過(guò)程 這種基因的特點(diǎn)是——模板DNA在終止位點(diǎn)附近有特殊的連續(xù)T序列 在連續(xù)T之前有富含GC互補(bǔ)區(qū)及幾個(gè)其他堿基（對(duì)應(yīng)RNA中stem-loop的片段） |
4樓2012-07-24 16:46:16
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5樓2012-09-26 09:15:17
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6樓2012-09-26 09:15:55
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