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xingyanfei金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
DNA模擬
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| 請(qǐng)問(wèn)大家有將DNA變形后，模擬的嗎?有將他們變形成發(fā)卡結(jié)構(gòu)的嗎？都怎么變的呢？有什么軟件改的？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2012-07-26 16:19:36
xingyanfei: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝 2012-07-27 20:19:40
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xingyanfei: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝 2012-07-27 20:19:40
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我做過(guò)短片段的DNA模擬，六個(gè)堿基對(duì)，在100ns范圍內(nèi)沒(méi)發(fā)現(xiàn)明顯形變，只是看到有堿基對(duì)打開(kāi)的情況。 要得到發(fā)夾結(jié)構(gòu)的DNA可能需要額外對(duì)DNA施加外力對(duì)它形變，即做SMD；或者直接找到發(fā)夾結(jié)構(gòu)進(jìn)行模擬。 我推薦用AMBER程序和AMBER99的力場(chǎng)，這個(gè)力場(chǎng)計(jì)算DNA比較準(zhǔn)確。 |
2樓2012-07-26 14:21:34
zmz148002989
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3樓2012-08-01 12:15:44
xingyanfei
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請(qǐng)教tcl命令，如何改變呢？可以加好友嗎？ 4樓2012-08-01 16:34:32
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