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請(qǐng)教，分子模擬中螯合離子怎么處理？
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請(qǐng)教一個(gè)問(wèn)題 分子模擬中是怎么處理離子的 比如鎂離子 PDB文件里這樣注釋 REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR: M RES CSSEQI METAL REMARK 620 MG A 397 MG REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM REMARK 620 1 RLT A 398 OAH REMARK 620 2 RLT A 398 OAE 81.2 REMARK 620 3 GLU A 221 OE2 93.1 91.1 REMARK 620 4 ASP A 128 OD2 94.3 174.1 85.3 REMARK 620 5 HOH A 400 O 90.6 97.3 171.3 86.6 REMARK 620 6 GLU A 221 OE1 156.4 94.6 63.6 88.0 113.0 REMARK 620 N 1 2 3 4 5 REMARK 620 我是單獨(dú)將離子作為一個(gè)unit呢 還是和相互作用的氨基酸（比如ASP）合成一個(gè)UNIT 呢？ 我按前者計(jì)算的，但是離子的位置會(huì)跑偏了 失去了和周圍幾個(gè)氨基酸的相互作用. |
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