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Bessel

木蟲 (正式寫手)

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專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

[求助] 請(qǐng)問fix nvt 和 fix move 不能同時(shí)用嗎？

初學(xué)LAMMPS，小弟有個(gè)問題一直搞不定。

我要模擬的系統(tǒng)的初始狀態(tài)如圖一所示，兩組分混合物，下面綠色的原子固定不動(dòng)，做為邊界墻，我用的命令是

fix 2 lo move linear 0 0 0

上層紅色的原子做NVT系綜，命令是

fix          1 hi nvt temp 3 3 200

結(jié)果模擬一開始，系統(tǒng)就變成如圖二所示，紅色的球全沒有了。我查看了dump出來(lái)的文檔，紅球的坐標(biāo)全變成了

-nan -nan -nan

但是系統(tǒng)沒有報(bào)錯(cuò)，一直運(yùn)行的循環(huán)結(jié)束。還有我嘗試把綠色的原子的Z方向運(yùn)動(dòng)不做限制（這才是我真實(shí)想做的系統(tǒng)），命令如下

fix 2 lo move linear 0 0 NULL

結(jié)果也是紅球全不見了。

完整的in文件如下

units          lj
atom_style    atomic
lattice       fcc 0.8442
region       box block 0 5 0 5 0 5
create_box    2 box
region hi block  0 5 0 5 2.5 5
region lo block  0 5 0 5 0 2.5
create_atoms 1 region hi
create_atoms 2 region lo
mass          * 1.0
velocity       all create 3.0 825577 dist gaussian
pair_style    lj/cut 2.5
pair_coeff    * * 1.0 1.0 2.5
neighbor 2.0 nsq
neigh_modify every 20 delay 0 check no
group hi type 1
group lo type 2
fix          1 hi nvt temp 3 3 200
fix 2 lo move linear 0 0 0
#fix 2 lo setforce 0 0 0
dump 1 all atom 100 dump.friction
dump_modify    1 sort id
dump 2 all image 200 *.jpg type type
timestep       0.005
thermo       1000
run 5000
clear

請(qǐng)前輩指點(diǎn)一下，兩組分的混合物，如何fix呢。我嘗試把紅球的命令變成 fix 1 hi nve,  紅球沒跑丟，但是這不是我想要的系綜。

謝謝！

圖一

圖二

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1樓 2012-08-10 02:31:48

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