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252209196新蟲 (初入文壇)
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[求助]
質(zhì)譜的bottom up和top down 有什么區(qū)別啊
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| 在做報(bào)告時(shí)發(fā)現(xiàn)了這個(gè)問題，可以幫忙解釋下嗎？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
252209196: 金幣+3, ★★★很有幫助, 可否再幫忙說下兩種方法的優(yōu)缺點(diǎn)？ 2012-08-14 18:30:10
小丹木木: 金幣+3, 鼓勵(lì)積極應(yīng)助，解答問題 2012-08-15 15:26:55
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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小丹木木: 金幣+3, 鼓勵(lì)積極應(yīng)助，解答問題 2012-08-15 15:26:55
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說的是proteomic的bottom up 么？ bottom up指的是proteins 先被digestion, 然后，對(duì)digestion后的peptides 分離純化后，作MSMS. 然后， 由MSMS的片斷信息從底端推導(dǎo)出pepetide的sequence，再將這些peptide按照digestion的規(guī)律，推斷出protein的sequence. 這個(gè)一般的MALDI都已可以表征。 top down 則是先對(duì)proteins 分離純化， 使用MS選擇特定的m/z 的蛋白，直接對(duì)蛋白作MS2, MS3, 。。。。，然后由這些碎片推斷蛋白的組成。這需要特殊的質(zhì)譜儀，ESI-FTICR. http://en.wikipedia.org/wiki/File:Bottom-up_vs_top_down.svg |
2樓2012-08-14 14:54:24
lzjessie_wlf
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【答案】應(yīng)助回帖
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兩種方法的優(yōu)點(diǎn)在于各自分析或者表征的重點(diǎn)不一樣吧。 "bottom up" 是在peptide level， "top down" 是intact protein level。 "top down" 可用來研究 protein conformations, 甚至 protein complexes，這些都有利于研究或發(fā)現(xiàn)疾病的mechanism，探索某些疾病的biomarker. “top down" 優(yōu)點(diǎn)是高通量篩選，簡(jiǎn)化了樣品的制備過程和省略digestion過程。 ”bottom up" 就是分辨性高，可以同時(shí)分析多個(gè)蛋白。 ”bottom up"的缺點(diǎn)是實(shí)驗(yàn)步驟繁瑣，數(shù)據(jù)分析量大，對(duì)于直接研究clinic sample 不如top down. “top down"對(duì)MS儀器的分辨率要求高。一般MALDI的分辨率大概是10e4-1e5 (20000-50000), ESI 是10e3-10e4 (5000), FTICR （>500000). 具體的優(yōu)缺點(diǎn)參考以下文獻(xiàn)。 http://www.bio-rad.com/webroot/w ... /Bulletin_5908A.pdf http://www.advion.com/events/documents/Advion_webinar_031311.pdf http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mas.20015/pdf |
3樓2012-08-14 22:42:04
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4樓2012-08-15 20:53:07
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