 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » MuSic的分子文件怎么生成？
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 536 | 回復: 2 | |||
cenwanglai榮譽版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
|
[求助]
MuSic的分子文件怎么生成？
|
|
MuSic的分子文件，特別是吸附劑的結構，這個文件跟常見的.mol文件的結構不一樣，分子的原子也是自己定義的（不同于規(guī)范的元素符號）。 如果從MS生成，中間轉化格式是自己寫腳本嗎？ |
回復此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 多孔材料 |
» 猜你喜歡
材料求調劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分
已經(jīng)有5人回復
-
085600 286分 材料求調劑
已經(jīng)有6人回復
-
086502化學工程342求調劑
已經(jīng)有4人回復
-
材料求調劑一志愿哈工大324
已經(jīng)有7人回復
-
328求調劑
已經(jīng)有7人回復
-
340求調劑
已經(jīng)有5人回復
-
一志愿南昌大學324求調劑
已經(jīng)有4人回復
-
求調劑推薦 材料 304
已經(jīng)有15人回復
-
291求調劑
已經(jīng)有19人回復
-
331環(huán)境科學與工程求調劑
已經(jīng)有3人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 請教一下，如何確定具體分子式，最好有詳細步驟，還有生成CIF文件的問題
已經(jīng)有7人回復
- Windows下編譯安裝MuSic code
已經(jīng)有22人回復
- 【求助】MUSIC的MD模塊計算甲烷在IRMOF-1上的擴散系數(shù)
已經(jīng)有11人回復
- 【討論】最新的dlfield能夠生成DL_POLY的field文件，大家用過嗎？
已經(jīng)有17人回復
- 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 問題
已經(jīng)有101人回復
- 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
已經(jīng)有11人回復
- 【求助】psf文件的生成
已經(jīng)有19人回復
- 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
已經(jīng)有98人回復
ghcacj
榮譽版主 (著名寫手)
阿超
- 模擬EPI: 16
- 應助: 26 (小學生)
- 貴賓: 2.764
- 金幣: 2543.5
- 散金: 8899
- 紅花: 35
- 沙發(fā): 3
- 帖子: 1376
- 在線: 1199小時
- 蟲號: 513281
- 注冊: 2008-02-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
- 管轄: 分子模擬
2樓2012-08-20 12:42:36
|
不知道為何，我這MUSIC 對MOL的數(shù)據(jù)格式要的很死，自己開始手動處理的總是出問題。后來用LAMMPS 實現(xiàn)了輸出文件。 1，用msi2lmp 工具將 .cor 文件導入 lammps 這個很多帖子有提到，我的經(jīng)驗是不用改程序，in文件 atom _style 設置為full 就行了。bond 和 angle 類型都用 彈簧模型。其他的可以刪掉。在LAMMPS 里面可以對夠型進行 2，lammps 輸出文件。詳細的研究了下 dump 命令和music 的分子文件。 read_restart restart.MCM41 timestep 0.0001 thermo 10 fix 1 all nvt temp 300 300 0.1 dump 3 all custom 1 MCM_41.mol id x y z element q id id dump_modify 3 element Si_Zeolite O_Zeolite O_Zeolite H_Zeolite dump_modify 3 format "%5d %9.5g %9.5g %9.5g %14s %9.5g 0 0" run 0 大致就是這樣了。。 |
3樓2012-10-25 09:21:25
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 cenwanglai 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 315分求調劑 +7 | 26考研上岸版26 2026-03-26 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 295材料工程專碩求調劑 +6 | 1428151015 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 070300化學求調劑 +4 | 起個名咋這么難 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學材料與化工 264分各科過A區(qū)國家線 +10 | 哈哈157349 2026-03-21 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +10 | 呼呼？~+123456 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工306 +10 | z1z2z3879 2026-03-21 | 11/550 |
|
|
|
[考研]
 材料與化工考研調劑
+16
|
孅華 2026-03-22 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 求調劑323材料與化工 +7 | 1124361 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 343求調劑 +4 | 贈我一本書 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 351求調劑 +4 | 麥克阿磊 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 294分080500材料科學與工程求調劑 +4 | 柳溪邊 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 總分322求生物學/生化與分子/生物信息學相關調劑 +5 | 星沉uu 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學 296 求調劑 +4 | 朵朵- 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 化學調劑一志愿上海交通大學336分-本科上海211 +4 | 小魚愛有機 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 318求調劑 +3 | plum李子 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 調劑 +4 | 13853210211 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿南航材料專317分求調劑 +5 | 炸呀炸呀炸薯條 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿國科過程所081700，274求調劑 +3 | 三水研0水立方 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070300，一志愿北航320求調劑 +3 | Jerry0216 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-21 | 3/150 |
|