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cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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[求助]
MuSic的分子文件怎么生成？
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MuSic的分子文件，特別是吸附劑的結(jié)構(gòu)，這個(gè)文件跟常見的.mol文件的結(jié)構(gòu)不一樣，分子的原子也是自己定義的（不同于規(guī)范的元素符號(hào)）。 如果從MS生成，中間轉(zhuǎn)化格式是自己寫腳本嗎？ |
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ghcacj
榮譽(yù)版主 (著名寫手)
阿超
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
cenwanglai: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 嗯，有幫助。我想最終還是回去寫個(gè)腳本來做這件事情。也可以用Python來寫個(gè)功能比較完善的轉(zhuǎn)換器。 2012-08-20 12:48:02
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cenwanglai: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 嗯，有幫助。我想最終還是回去寫個(gè)腳本來做這件事情。也可以用Python來寫個(gè)功能比較完善的轉(zhuǎn)換器。 2012-08-20 12:48:02
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我的做法是用MS中的結(jié)構(gòu)Make P1后導(dǎo)出為CAR文件，將其中原子坐標(biāo)復(fù)制在Excel中，按照Music的格式進(jìn)行重新排列，之后復(fù)制到分子文件中。 希望對(duì)你有幫助。 |
2樓2012-08-20 12:42:36
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不知道為何，我這MUSIC 對(duì)MOL的數(shù)據(jù)格式要的很死，自己開始手動(dòng)處理的總是出問題。后來用LAMMPS 實(shí)現(xiàn)了輸出文件。 1，用msi2lmp 工具將 .cor 文件導(dǎo)入 lammps 這個(gè)很多帖子有提到，我的經(jīng)驗(yàn)是不用改程序，in文件 atom _style 設(shè)置為full 就行了。bond 和 angle 類型都用 彈簧模型。其他的可以刪掉。在LAMMPS 里面可以對(duì)夠型進(jìn)行 2，lammps 輸出文件。詳細(xì)的研究了下 dump 命令和music 的分子文件。 read_restart restart.MCM41 timestep 0.0001 thermo 10 fix 1 all nvt temp 300 300 0.1 dump 3 all custom 1 MCM_41.mol id x y z element q id id dump_modify 3 element Si_Zeolite O_Zeolite O_Zeolite H_Zeolite dump_modify 3 format "%5d %9.5g %9.5g %9.5g %14s %9.5g 0 0" run 0 大致就是這樣了。。 |
3樓2012-10-25 09:21:25
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