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lmzxcom1金蟲 (著名寫手)
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[求助]
新手求助有關(guān)RMSD,RMSF等計(jì)算
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新手....新的一塌糊涂 手里有一個(gè)原始酶，我定點(diǎn)突變之后，很多性質(zhì)改變了 現(xiàn)在需要分析原因！ 第一步，我通過sybyl模建了2個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)的pdb，打分還行，58 第二部，我考慮計(jì)算兩個(gè)結(jié)構(gòu)的RMSD,RMSF,SASA等，用來評(píng)估整體的性質(zhì)和一些關(guān)鍵區(qū)域的性質(zhì) 問題來了，怎么獲得RMSD,RMSF,SASA？ 看了一些帖子，先要跑一個(gè)MD，然后計(jì)算這些值。有2個(gè)問題： 1、跑多少ns合適？用什么軟件跑，目前有amber7 2、計(jì)算RMSD,RMSF,SASA的時(shí)候，需要計(jì)算全部原子，因?yàn)閮蓚�(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的差異之后一兩個(gè)側(cè)鏈不同 謝謝各位 |
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